El equipo de fútbol americano Southern Miss Golden Eagles de 2006 representó a la Universidad del Sur de Mississippi en la temporada de fútbol americano FBS de la División I de la NCAA de 2006 . Los Golden Eagles fueron dirigidos por el entrenador en jefe Jeff Bower y jugaron sus partidos en casa en el MM Roberts Stadium . Eran miembros de la División Este de la Conferencia USA .