El equipo de fútbol americano Southern Miss Golden Eagles de 2006 representó a la Universidad del Sur de Mississippi en la temporada de fútbol americano FBS de la División I de la NCAA de 2006. Los Golden Eagles fueron dirigidos por el entrenador en jefe Jeff Bower y jugaron sus partidos de local en el estadio MM Roberts . Fueron miembros de la División Este de la Conferencia USA .