La temporada 1989-90 de la Southern Football League fue la número 87 en la historia de la liga, una competición de fútbol inglesa .
El Dover Athletic ganó la Premier Division pero no logró ascender debido a problemas de nivelación del terreno y el segundo clasificado, Bath City, obtuvo un lugar en la Football Conference . Los cuatro últimos clubes descendieron a las divisiones Southern y Midland, mientras que los campeones y subcampeones de las divisiones inferiores obtuvieron un lugar en la siguiente temporada de la Premier Division. Banbury United , Hounslow , Sandwell Borough y Sheppey United abandonaron la liga.
La Premier Division estaba formada por 22 clubes, incluidos 17 clubes de la temporada anterior y cinco clubes nuevos:
La División Midland estaba compuesta por 22 clubes, incluidos 17 clubes de la temporada anterior y cinco clubes nuevos:
Además, al final de la temporada anterior, Forest Green Rovers pasó a llamarse Stroud y Ashfield Hightree pasó a llamarse Sandwell Borough .
La División Sur estaba compuesta por 22 clubes, incluidos 18 clubes de la temporada anterior y cuatro clubes nuevos:
Además, al final de la temporada anterior, Thanet United cambió su nombre a Margate .