BioFabric es una aplicación de software de código abierto para dibujar gráficos . [1] [2] [3] Presenta gráficos como un diagrama de enlace de nodo, pero a diferencia de otras herramientas de dibujo de gráficos que representan los nodos usando símbolos discretos, representa los nodos usando líneas horizontales. [4] [5]
Los métodos tradicionales de enlace de nodos para visualizar redes se deterioran en términos de legibilidad cuando se trata de redes grandes, debido a la proliferación de cruces de bordes que se acumulan como lo que despectivamente se denominan "bolas de pelo". [6] [7] BioFabric es uno de varios enfoques alternativos diseñados explícitamente para abordar este problema de escalabilidad, [6] eligiendo hacerlo representando los nodos como líneas en el eje horizontal, uno por fila; bordes como líneas en el eje vertical, una por columna, que terminan en las dos filas asociadas con los nodos de punto final. Como tal, los nodos y los bordes tienen cada uno su propia dimensión (a diferencia de únicamente los bordes y los nodos son puntos adimensionales). BioFabric aprovecha el grado adicional de libertad así producido para colocar los extremos de los bordes incidentes en grupos. Esta ubicación potencialmente puede contener información semántica, mientras que en los gráficos de enlaces de nodos la ubicación a menudo se genera arbitrariamente dentro de restricciones estéticas, como durante el dibujo de gráficos dirigidos por fuerza, y puede resultar en artefactos aparentemente informativos.
Los bordes se dibujan (verticalmente) en un tono más oscuro que los nodos (horizontales), creando una distinción visual. Los bordes adicionales aumentan el ancho del gráfico.
Ambos extremos de un enlace se representan como un cuadrado para reforzar el efecto anterior incluso en escalas pequeñas. Los gráficos dirigidos también incorporan puntas de flecha.
La primera versión, 1.0.0, se lanzó en julio de 2012. El trabajo de desarrollo de BioFabric está en curso. En 2013 se lanzó una implementación de R de código abierto, RBioFabric , [8] para usar con el paquete igraph, [9] y posteriormente se describió en el blog del proyecto. [10]
Aporte
Blakeley y cols. [11] han descrito cómo la técnica utilizada por BioFabric, a la que se refieren como representación cartográfica , se puede utilizar para comparar las redes A y B yuxtaponiendo los bordes en ( A \ B ), ( A ∩ B ) y ( B \ A ), una técnica que evoca un diagrama de Venn . Rossi y Magnani [12] [13] han desarrollado sociogramas clasificados , que es una presentación similar a BioFabric donde el orden de los nodos se basa en una métrica de clasificación. Este enfoque atribuye un significado semántico a la longitud de las líneas de borde y se puede utilizar para visualizar la asortatividad o la disortatividad de una red.
Instale y comience a usar el paquete igraph R
Comentario sobre BioFabric (www.BioFabric.org), una nueva forma de visualizar redes.