Sirius es un sistema de análisis y modelado molecular desarrollado en el San Diego Supercomputer Center . Sirius está diseñado para soportar requisitos de usuario avanzados que van más allá de la simple visualización de pequeñas moléculas y proteínas . Sirius admite gráficos 3D interactivos de alta calidad , construcción de estructuras, visualización de secuencias primarias de proteínas o ADN , acceso a fuentes de datos remotas y visualización de trayectorias de dinámica molecular . Se puede utilizar para visualización y análisis científicos, así como para instrucción de química y biología .
Este software ya no es compatible a partir de 2011.
Sirius admite una variedad de aplicaciones con un conjunto de características, que incluyen:
Sirius se basa en códigos de gráficos moleculares y estructuras de datos desarrollados como parte del kit de herramientas de biología molecular. [1]
Sirius presenta un intérprete de línea de comando que se puede utilizar para manipular rápidamente la apariencia y orientación de la estructura. El conjunto de comandos se ha basado en RasMol , por lo que es totalmente compatible con los scripts existentes. Los comandos agregados introducidos en Sirius brindan soporte para manipular múltiples estructuras cargadas al mismo tiempo y permiten una selección más flexible.
Los scripts RasMol existentes se pueden importar y ejecutar dentro de Sirius para producir representaciones de alta calidad de escenas moleculares codificadas. Dado que RasMol utiliza un sistema de coordenadas que difiere de Sirius, la conversión interna se realiza cuando se importan los scripts de RasMol, de modo que cualquier cambio de orientación se muestre correctamente. Sin embargo, todos los comandos introducidos manualmente se ejecutan según el sistema de coordenadas Sirius. [2]
Sirius admite varios conjuntos de residuos de átomos y esquemas de color predefinidos, permite editar scripts usando la interfaz del Panel de comandos y se pueden usar operadores lógicos y paréntesis para crear comandos de selección complejos.
Sirius contiene un componente de visualización de dinámica molecular con todas las funciones. Puede leer archivos de salida de simulaciones AMBER y CHARMM , incluidos archivos comprimidos y de salida AMBER. Los cambios de RMSD a lo largo de la trayectoria se pueden calcular utilizando subconjuntos de átomos definidos por el usuario y mostrarse en un gráfico actualizado interactivamente. Para reducir los requisitos de memoria, se pueden cargar simulaciones de varios archivos grandes en modo almacenado en búfer. Si una simulación implica cambios en el pliegue de la proteína , se puede configurar Sirius para rastrear y recalcular las características de la estructura secundaria mostradas en tiempo real, lo que proporciona una manera conveniente de observar las transformaciones de la estructura. La trayectoria completa o los cuadros seleccionados se pueden exportar como video QuickTime o un conjunto de instantáneas de escenas POV-Ray que luego se pueden convertir en una película de alta calidad.
Sirius se distribuye gratuitamente desde el sitio web del proyecto a personas afiliadas a organizaciones académicas y sin fines de lucro. [3] Los instaladores de aplicaciones de escritorio nativas están disponibles para Windows , Linux y macOS .