Sirius es un sistema de análisis y modelado molecular desarrollado en el Centro de Supercomputación de San Diego . Sirius está diseñado para satisfacer los requisitos avanzados de los usuarios que van más allá de la simple visualización de pequeñas moléculas y proteínas . Sirius admite gráficos 3D interactivos de alta calidad , creación de estructuras, visualización de secuencias primarias de proteínas o ADN , acceso a fuentes de datos remotas y visualización de trayectorias de dinámica molecular . Se puede utilizar para visualización y análisis científicos y para la enseñanza de química y biología .
Este software ya no recibe soporte desde 2011.
Sirius admite una variedad de aplicaciones con un conjunto de características, que incluyen:
Sirius se basa en códigos de gráficos moleculares y estructuras de datos desarrollados como parte del kit de herramientas de biología molecular. [1]
Sirius cuenta con un intérprete de línea de comandos que se puede utilizar para manipular rápidamente la apariencia y la orientación de las estructuras. El conjunto de comandos se ha diseñado siguiendo el modelo de RasMol , por lo que es totalmente compatible con los scripts existentes. Los comandos adicionales introducidos en Sirius brindan soporte para manipular múltiples estructuras cargadas al mismo tiempo y permiten una selección más flexible.
Los scripts de RasMol existentes se pueden importar y ejecutar dentro de Sirius para producir representaciones de alta calidad de escenas moleculares codificadas. Dado que RasMol utiliza un sistema de coordenadas diferente al de Sirius, se realiza una conversión interna cuando se importan los scripts de RasMol, de modo que cualquier cambio de orientación se muestre correctamente. Sin embargo, cualquier comando ingresado manualmente se ejecuta de acuerdo con el sistema de coordenadas de Sirius. [2]
Sirius admite varios conjuntos de residuos atómicos y esquemas de color predefinidos, permite la edición de scripts mediante la interfaz del Panel de comandos y se pueden usar operadores lógicos y paréntesis para crear comandos de selección complejos.
Sirius contiene un componente de visualización de dinámica molecular con todas las funciones. Puede leer archivos de salida de simulaciones AMBER y CHARMM , incluidos archivos comprimidos y de salida AMBER. Los cambios de RMSD a lo largo de la trayectoria se pueden calcular utilizando subconjuntos de átomos definidos por el usuario y se pueden mostrar en un gráfico actualizado de forma interactiva. Para reducir los requisitos de memoria, se pueden cargar simulaciones de varios archivos de gran tamaño en un modo de almacenamiento en búfer. Si una simulación implica cambios en el plegamiento de proteínas , se puede configurar Sirius para que rastree y vuelva a calcular las características de la estructura secundaria mostradas en tiempo real, lo que proporciona una forma conveniente de observar las transformaciones de la estructura. La trayectoria completa o los fotogramas seleccionados se pueden exportar como video QuickTime o un conjunto de instantáneas de escenas de POV-Ray que luego se pueden convertir en una película de alta calidad.
Sirius se distribuye gratuitamente desde el sitio web del proyecto a personas afiliadas a organizaciones académicas y sin fines de lucro. [3] Los instaladores de aplicaciones de escritorio nativas están disponibles para Windows , Linux y macOS .