Empresa de bioinformática en Michigan, EE.UU.
Gene Codes Corporation es una empresa internacional de propiedad privada con sede en Ann Arbor, Michigan , que se especializa en software de bioinformática para el análisis de secuencias genéticas . Su producto de software estrella, Sequencher, es un software de secuenciación utilizado en todo el mundo. Su uso específico está dirigido a investigadores de laboratorios académicos y gubernamentales, así como a empresas biotecnológicas y farmacéuticas para el ensamblaje de secuencias de ADN.
Historia
Gene Codes Corporation se fundó en 1988 en Ann Arbor, Michigan. En 1991, se lanzó el software de análisis y ensamblaje de secuencias de ADN, Sequencher. En 1997, casi todas las principales compañías farmacéuticas y compañías de genómica comercial del mundo habían estandarizado el uso de Sequencher, así como la mayoría de los laboratorios de los principales centros académicos. Sequencher 5.4 se lanzó en 2015. [2]
Secuenciador
Sequencher 5.1 tiene la capacidad de realizar secuenciación Sanger y secuenciación de próxima generación. Cuenta con herramientas avanzadas que ayudan en el análisis general de secuencias y crean informes que son un análisis profundo dentro del conjunto de datos del cliente.
- Análisis general
- Alineación de secuencia de referencia
- Tabla de varianza
- Amplias capacidades de importación y exportación
- Búsqueda en NCBI BLAST
- Secuenciación de Sanger
- Importar datos de cualquiera de los principales instrumentos CE
- Limpiar datos sin procesar recortando vectores de bases de baja calidad
- Realice una alineación de novo o un ensamblaje basado en referencia con flexibilidad
- Muévase fácilmente entre archivos de datos alineados y analice trazas local o globalmente para encontrar picos secundarios o no llamados.
- Muévase instantáneamente entre la traducción de múltiples cuadros de secuencias sin procesar y los mapas de restricción
- Configure plantillas reutilizables para proyectos comunes que le permitan utilizar numeración base y características de la secuencia de referencia para anotar nuevas alineaciones
- Comparar proyectos similares utilizando una tabla de varianza
- Herramientas avanzadas y potentes para detectar mutaciones y SNP y hacer referencia a datos sin procesar para eliminar artefactos de secuenciación.
- Genere informes que documenten de forma rápida y clara los resultados de la investigación.
- Secuenciación de próxima generación
- Importe fácilmente lecturas NGS
- Elija Maq o GSNAP como su algoritmo de alineación
- Ver resultados usando Tablet
- Análisis de SNP y estudios de metilación
Premios
- La Sociedad Internacional de Biología Computacional reconoce a Howard Cash y Gene Codes Forensics por la aplicación única de la biología computacional para ayudar a identificar a las víctimas de desastres. El presidente de la ISCB, Michael Gribskov, calificó la contribución de Gene Codes como "única, valiosa y más allá del límite de lo que se podría esperar".
- Ann Arbor IT Zone reconoce a Gene Codes Corporation con el premio Indestructible por crecimiento y logros.
- Gene Codes recibe el Premio Merlanti a las mejores prácticas en ética empresarial.
- Genome Technology nombra a Howard Cash Persona del Año en sus Premios All-Star.
- Gene Codes Corporation es nombrada una de las Future 50 del Gran Detroit: "En reconocimiento a su destacada contribución al área metropolitana de Detroit a través del crecimiento de las ventas y el empleo".
- Ernst & Young y The New Enterprise Forum nombran a Howard Cash, presidente, director ejecutivo y fundador de Gene Codes, Emprendedor del Año.
- Gene Codes gana el premio Fast Track del condado de Washtenaw.
- Sequencher recibe el premio al Mejor Producto de Ensamblaje de Secuencias de ADN del Biotechnology Software & Internet Journal.
- Gene Codes recibe el premio Michigan Leading Edge Technology Award en la categoría de biotecnología. El premio reconoce las innovaciones introducidas con la versión 3.0 de Sequencher, con especial mención a las mejoras que permitieron una mayor automatización de los procesos.
- Gene Codes recibe el premio a la Mejor Presentación del Año de la Sección Michigan del New Enterprise Forum: "En reconocimiento a una iniciativa empresarial innovadora que ha ayudado a hacer de Gene Codes Corporation una empresa empresarial modelo".
Referencias
- ^ Página de apreciación de los códigos genéticos, sitio web de Jonathan Hoyle
- ^ Gene Codes lanza Sequencher 5.4, software de análisis de secuencias de ADN, 10 de noviembre de 2015, 10:00 a. m., hora estándar del este, BUSINESS WIRE
- Thomas D. Wu y Serban Nacu, Detección rápida y tolerante a SNP de variantes complejas y empalmes en lecturas cortas, Bioinformatics 2010 26: 873-881
- Heng Li, Jue Ruan y Richard Durbin, Mapeo de lecturas de secuenciación de ADN cortas y determinación de variantes mediante puntajes de calidad de mapeo, Genome Research 2008 18:1851-1858
- Ian Milne, Micha Bayer, Linda Cardle, Paul Shaw, Gordon Stephen, Frank Wright y David Marshall, Visualización de secuencias de próxima generación en tabletas, BioInformatics 2010 26: 40-402
Enlaces externos
- Sitio web oficial
- Descarga de demostración de Sequencher
- Capacitación/Tutoriales: Para los científicos que quieran ayuda para aprender las distintas funciones de Sequencher, hay disponibles varios tutoriales útiles.
