Durante la Guerra del Pacífico de 1941-1945, el Servicio Aéreo de la Armada Imperial Japonesa se deshizo de un número cada vez mayor de "flotas aéreas", unidades de combate aerotransportadas adscritas a la Armada. La 1.ª Flota Aérea era la principal unidad de portaaviones , mientras que otras flotas aéreas se utilizaban para la defensa, el entrenamiento o el apoyo a las operaciones navales en determinados teatros de operaciones.
La 1.ª Flota Aérea (第一航空艦隊, Dai-Ichi Kōkū Kantai ) formó la principal flota de portaaviones de la Armada Imperial Japonesa (IJN), una agrupación de portaaviones y aviones navales que, en el momento del ataque a Pearl Harbor, era la flota de portaaviones más grande del mundo. A medida que aumentaban las pérdidas, los portaaviones fueron retirados y la 1.ª Flota Aérea se transformó en una fuerza de aviación naval terrestre con base en islas y masas de tierra a lo largo del perímetro de la esfera controlada por Japón.
La 2.ª Flota Aérea (第二航空艦隊, Dai-Ni Kōkū Kantai ) se organizó a finales de la guerra para defender la Zona de Defensa Nacional junto con la 1.ª Flota Aérea. Su área de responsabilidad estaba basada en el distrito de Kyūshū-Okinawa-Formosa. En octubre de 1944, el vicealmirante Shigeru Fukudome trasladó su cuartel general de Taiwán a Manila. Allí fue reforzado y se le encargó una parte de la defensa aérea de Filipinas. Sin embargo, la mayoría de los aviones y pilotos desaparecieron en noviembre de 1944 como resultado de la lucha contra la Flota Halsey desde el frente durante la campaña de Filipinas . Poco después, en enero de 1945, la 2.ª Flota Aérea se disolvió y se fusionó con la 1.ª Flota Aérea.
La 3.ª Flota Aérea (第三航空艦隊, Dai-San Kōkū Kantai ) estaba a cargo de la defensa aérea del este de Japón.
La Quinta Flota Aérea (第五航空艦隊, Dai-Go Kōkū Kantai ) estaba a cargo de la defensa aérea del oeste de Japón.
La Décima Flota Aérea (第十航空艦隊, Dai-Jū Kōkū Kantai ) era una unidad de entrenamiento.
La 11.ª Flota Aérea (第十一航空艦隊, Dai-Jūichi Kōkū Kantai ) fue una agrupación de unidades de aviación naval y de superficie con base en Formosa que se desplazaron por Filipinas y Nueva Guinea y luego apoyaron la campaña de las Islas Salomón durante el avance japonés al comienzo de la guerra. Participó intensamente en la Campaña de Guadalcanal . Desde finales de 1942 proporcionó cobertura aérea a la Flota del Área Sudeste .
La 12.ª Flota Aérea (第十二航空艦隊, Dai-Jūni Kōkū Kantai ) estaba a cargo de la cobertura aérea de la Flota del Área Noreste .
La 13.ª Flota Aérea (第十三航空艦隊, Dai-Jūsan Kōkū Kantai ) estaba a cargo de la cobertura aérea de la Flota del Área Sudoeste .
La 14ª Flota Aérea (第十四航空艦隊, Dai-Jūyon Kōkū Kantai ) estaba a cargo de la cobertura aérea del Área del Pacífico Central .