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Ciencia Crunch

SciCrunch es una base de conocimiento editada de forma colaborativa sobre recursos científicos. Es un portal comunitario para investigadores y un sistema de gestión de contenidos para datos y bases de datos. Su objetivo es proporcionar una fuente común de datos a la comunidad de investigación y los datos sobre los identificadores de recursos de investigación ( RRID ), que se pueden utilizar en publicaciones científicas . Después de comenzar como un piloto de dos revistas en 2014, para 2022 más de 1.000 revistas los han estado utilizando y más de medio millón de RRID han sido citados en la literatura científica. [1] En cierto sentido, es para la ciencia y la publicación académica, similar a lo que Wikidata es para los proyectos de la Fundación Wikimedia . SciCrunch, alojado por la Universidad de California en San Diego , también fue diseñado para ayudar a las comunidades de investigadores a crear sus propios portales para proporcionar acceso a recursos, bases de datos y herramientas relevantes para sus áreas de investigación [2].

Identificadores de recursos de investigación

Los identificadores de recursos de investigación (RRID) son globalmente únicos y persistentes. [3]Fueron introducidos y son promovidos por la Iniciativa de Identificación de Recursos . [3] Los recursos en este contexto son recursos de investigación como reactivos, herramientas o materiales. [3] [4] Un ejemplo de dicho recurso sería una línea celular utilizada en un experimento o una herramienta de software utilizada en un análisis computacional.El Portal de Identificación de Recursos (https://scicrunch.org/resources) se creó en apoyo de esta iniciativa y es un servicio central donde se pueden buscar y crear estos identificadores. [3] [5] Estos identificadores deberían poder buscarse completamente mediante minería de datos , a diferencia de los archivos complementarios, y se pueden actualizar a nuevas versiones a medida que la metodología básica cambia con el tiempo.

Formato para citas de RRID

A continuación se muestra la recomendación para citar recursos de investigación para recursos biológicos clave:

El Portal de identificación de recursos enumera los RRID existentes e instrucciones para crear uno nuevo si aún no existe un RRID que coincida con el recurso.

Características de los RRID

Descripción: Cada RRID contiene un ID, un tipo, una URL y un nombre. Existen cientos de otros atributos, pero la mayoría son específicos del tipo; por ejemplo, los RRID de tipo de anticuerpo incluyen un atributo llamado clonalidad, que indica si el reactivo es monoclonal o policlonal, mientras que las líneas celulares tienen un atributo llamado "línea celular parental", que indica el origen de la línea celular que se describe.

Citas de RRID: Los RRID denotan aquellos recursos de investigación que se han utilizado en la realización de un estudio. No pretenden ser citas casuales. Los RRID que se han utilizado en artículos científicos se han extraído de la literatura utilizando herramientas automatizadas [6] y herramientas semiautomatizadas gracias a una asociación con Hypothes.is . Los datos que definen qué artículo cita un RRID en particular suelen estar disponibles en la página de resolución de ese RRID, por ejemplo: https://scicrunch.org/resolver/CVCL_0038 muestra la lista de 44 artículos (al 11 de abril de 2023) que han utilizado esta línea celular en la investigación. Cada referencia mostrará cómo los autores han utilizado el RRID al incluir un breve fragmento de la oración en la que los autores definen el recurso.

Servicios de resolución externa para RRID: el solucionador de nombre a cosa de la Biblioteca Digital de California puede resolver cualquier RRID utilizando el siguiente patrón https://n2t.net/[RRID] ejemplo https://n2t.net/RRID:NXR_1049

El solucionador de Identifiers.org también puede resolver cualquier RRID utilizando el siguiente patrón https://identifiers.org/RRID/[RRID] ejemplo https://identifiers.org/RRID/RRID:NXR_1049

Instituciones y editoriales que recomiendan el uso de RRID

Varias editoriales, iniciativas e instituciones de investigación fomentan el uso de los RRID de SciCrunch: formato de cita común Artículo en Nature, [7] Cell Press , eLife , FORCE11 , Frontiers Media , [8] GigaScience , [9] MIRIAM Registry , [10] NIH , [11] PLOS Biology y PLOS Genetics . [12]

Véase también

Referencias

  1. ^ Bandrowski, Anita (2022). "Una década de gigaciencia: ¿Qué se puede aprender de medio millón de RRID en la literatura científica?". GigaScience . 11 . doi :10.1093/gigascience/giac058. ISSN  2047-217X. PMC  9197678 . PMID  35701373.
  2. ^ Jeffrey, Grethe; Anita, Bandrowski; Davis, Banks; Christopher, Condit; Amarnath, Gupta; Stephen, Larson; Yueling, Li; Ibrahim, Ozyurt; Andrea, Stagg; Patricia, Whetzel; Luis, Marenco; Perry, Miller; Rixin, Wang; Gordon, Shepherd; Maryann, Martone (2014). "SciCrunch: una plataforma cooperativa y colaborativa de descubrimiento de datos y recursos para comunidades científicas". Frontiers in Neuroinformatics . 8 . doi : 10.3389/conf.fninf.2014.18.00069 .
  3. ^ abcd Bandrowski, Anita; Brush, Matthew; Grethe, Jeffery S.; Haendel, Melissa A.; Kennedy, David N.; Hill, Sean; Hof, Patrick R.; Martone, Maryann E.; Pols, Maaike; Tan, Serena; Washington, Nicole; Zudilova-Seinstra, Elena; Vasilevsky, Nicole (19 de noviembre de 2015). "La iniciativa de identificación de recursos: un cambio cultural en la publicación". F1000Research . 2. 4 (134): 134. doi : 10.12688/f1000research.6555.2 . PMC 4648211 . PMID  26594330. 
  4. ^ "¿Qué es un recurso?". scicrunch.org . SciCrunch . Consultado el 11 de abril de 2023 .
  5. ^ "Portal de identificación de recursos". scicrunch.org . SciCrunch . Consultado el 11 de abril de 2023 .
  6. ^ Ozyurt (2016). "Desambiguador de recursos para la Web: extracción de recursos biomédicos y sus citas de la literatura científica". PLoS One . 11 (1): e0146300. Bibcode :2016PLoSO..1146300O. doi : 10.1371/journal.pone.0146300 . PMC 5156472 . PMID  26730820. 
  7. ^ Singh Chawla, Dalmeet (29 de mayo de 2015). "Los investigadores abogan por un formato estándar para citar recursos de laboratorio". Nature . doi :10.1038/nature.2015.17652. S2CID  211730637.
  8. ^ "Pautas para autores de Frontiers". Frontiers . Consultado el 19 de abril de 2016 .
  9. ^ "Nota técnica | GigaScience | Oxford Academic". academic.oup.com . Consultado el 15 de julio de 2019 .
  10. ^ "identifiers.org". Recopilación de datos: RRID . Consultado el 18 de abril de 2016 .
  11. ^ "NIDA apoya a SciCrunch y RRIDs para hacer visibles los recursos de investigación en la ciencia". FORCE11 . 2016-03-07 . Consultado el 18 de abril de 2016 .
  12. ^ "Presentación de la iniciativa de identificación de recursos de investigación en PLOS Biology y PLOS Genetics". PLOS Biologue . 29 de enero de 2015.

Enlaces externos