San Francisco Ixhuatán es una localidad y municipio del mismo nombre en el estado mexicano de Oaxaca . Forma parte del distrito de Juchitán , en el oeste de la región del Istmo de Tehuantepec . El elemento del nombre náhuatl Ixhuatán significa "pueblo de hojas de palma".
En 1826, Ixhuatán ya estaba constituido como ejido en el municipio de San Francisco del Mar. En 1886 pasó a ser cabecera municipal y, en 1926, se separó de San Francisco del Mar para formar un nuevo municipio independiente como resultado de conflictos políticos y administrativos. Actualmente cuenta con 9050 habitantes.
San Francisco Ixhuatán se localiza al sur de Oaxaca, a 16°21' N, 94°29' O, a una altura de 10 metros sobre el nivel del mar.
El municipio tiene una extensión total de 406.99 km2. Como cabecera municipal, San Francisco Ixhuatán tiene jurisdicción de gobierno sobre las siguientes comunidades:
Cachimbo, Cerro Chico (Cerritos), Cerro Grande, Chahuites las Conchas, Colonia Primero de Mayo, El Milagro, El Naranjal, El Porvenir, La Curva (El Crucero), La Gloria, La Herradura, La Mora, Las Palmas, Lázaro Cárdenas , Paniagua, Río Viejo, Reforma Agraria Integral y Veinte de Noviembre (El Morro)