La segunda versión de los San Diego Sockers fue un equipo de la nueva Major Indoor Soccer League . El equipo comenzó a jugar en la Liga Mundial de Fútbol Sala en 2001 y se unió a la MISL cuando se fusionó con la WISL para la temporada 2002-2003. Justo antes del comienzo de la temporada 2004-2005, los Sockers fueron vendidos a Raj Kalra, propietario de los Vancouver Ravens de la Liga Nacional de Lacrosse . Sin embargo, apenas dos meses después de la compra, se reveló que Kalra no había pagado a los jugadores, al personal ni al alquiler de los Sockers desde que asumió el control, y la liga votó a favor de descontinuar la franquicia el 30 de diciembre de 2004.
Además, los Dallas Sidekicks fueron el único equipo en la historia del fútbol sala que derrotó a los San Diego Sockers en una serie de campeonatos en el San Diego Sports Arena que ocurrió en 2001. Un nuevo equipo que usaba el nombre y el logotipo de los Sockers se unió al PASL-PRO en el Temporada 2009-10.