El Fuerte Saint-Jean está situado en el primer distrito de Lyon y forma parte del primer cinturón de fuertes de Lyon, que incluye el Fuerte de Loyasse y los ahora demolidos Fuerte Duchère y Fuerte de Caluire .
El fuerte no era más que un bastión construido a principios del siglo XVI por Francisco I como parte de la muralla que rodeaba la colina de la Croix-Rousse para proteger la ciudad de los suizos. En 1636 se construyó la puerta de Halincourt hacia el Ródano. El fuerte se terminó en el siglo XVIII, pero la construcción del edificio actual comenzó en 1834. El fuerte Saint-Jean tiene una superficie de 17.000 m2 y domina el río Saona a 40 m sobre el nivel del río. En 1932, el Servicio de Salud Militar instaló allí su farmacia regional.
El 2 de septiembre de 1944, cuando Lyon fue ocupada por los alemanes, un grupo de voluntarios se reunió en el fuerte para evitar que los ocupantes destruyeran los puentes sobre el Saona .
En 1984 el fuerte fue ocupado por el Servicio Veterinario de las Fuerzas Armadas.
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Rehabilitado en 2001 por el arquitecto Pierre Vurpas, el Fuerte Saint-Jean acoge desde 2004 la Escuela Nacional del Tesoro (ENT), convertida el 4 de agosto de 2010 en Escuela Nacional de Finanzas Públicas (ENFiP). Esta escuela forma a los controladores de las finanzas públicas y acoge ocasionalmente eventos culturales.