La grapa ST es un motivo común de cuatro o cinco residuos de aminoácidos en proteínas y polipéptidos con serina o treonina como residuo C-terminal . [1] [2] Se caracteriza por un enlace de hidrógeno simple entre el grupo hidroxilo de la serina o treonina (en el residuo i + 3 o i + 4) y el grupo carbonilo de la cadena principal del residuo i . Los motivos son de dos tipos, dependiendo de si el motivo tiene 4 o 5 residuos. La mayoría de las grapas ST se producen junto con una hélice alfa y generalmente se asocian con una ligera curvatura en la hélice. Hay dos sitios web disponibles para encontrar y examinar grapas ST en proteínas: Motivated Proteins [3] y PDBeMotif. [4]
Grapa ST de cinco residuos. Este pentapéptido muestra una treonina C-terminal más los átomos de la cadena principal de los cuatro residuos anteriores. Se omiten los átomos de hidrógeno y algunos átomos terminales de la cadena principal. El carbono está en gris, el oxígeno en rojo y el nitrógeno en azul. El enlace de hidrógeno se muestra como una línea de puntos gris.
Referencias
^ Gray, TM; Matthews BW (1984). "Enlace de hidrógeno intrahelicoidal de residuos de serina, treonina y cisteína dentro de hélices α. Relevancia para las proteínas unidas a la membrana". Journal of Molecular Biology . 175 (1): 75–82. doi :10.1016/0022-2836(84)90446-7. PMID 6427470.
^ Ballesteros, JA; Deupi X (2000). "Los residuos de serina y treonina doblan las hélices alfa en la conformación chi(1) 5 g(-)". Revista Biofísica . 79 (5): 2754–2760. Código Bibliográfico :2000BpJ....79.2754B. doi :10.1016/S0006-3495(00)76514-3. PMC 1301156 . PMID 11053148.
^ Líder, DP; Milner-White EJ (2009). "Proteínas motivadas: una aplicación web para estudiar pequeños motivos proteicos tridimensionales". BMC Bioinformatics . 10 (1): 60. doi : 10.1186/1471-2105-10-60 . PMC 2651126 . PMID 19210785.
^ Golovin, A; Henrick K (2008). "MSDmotif: explorando sitios y motivos proteicos". BMC Bioinformatics . 9 (1): 312. doi : 10.1186/1471-2105-9-312 . PMC 2491636 . PMID 18637174.
