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Base de datos de cinética de reacción SABIO

SABIO-RK ( Sistema para el Análisis de Vías Bioquímicas - Cinética de Reacciones ) es una base de datos accesible desde la web que almacena información sobre reacciones bioquímicas y sus propiedades cinéticas .

SABIO-RK comprende una representación orientada a la reacción de información cuantitativa sobre la dinámica de la reacción basada en una publicación seleccionada. Esto incluye todos los parámetros cinéticos disponibles junto con sus ecuaciones de velocidad correspondientes , así como la ley cinética y los tipos de parámetros y las condiciones experimentales y ambientales bajo las cuales se determinaron los datos cinéticos. Además, SABIO-RK contiene información sobre las reacciones bioquímicas subyacentes y las vías , incluidos los participantes de la reacción , la ubicación celular e información detallada sobre las enzimas que catalizan las reacciones. [1] [2] [3] [4] [5]

Contenido de la base de datos SABIO-RK

Los datos almacenados en SABIO-RK de manera integral se extraen principalmente de forma manual de la literatura. Esto incluye reacciones, sus participantes (sustratos, productos), modificadores ( inhibidores , activadores, cofactores ), detalles del catalizador (por ejemplo, clasificación de enzimas EC , composición del complejo proteico , información de tipo salvaje / mutante ), parámetros cinéticos junto con la ecuación de velocidad correspondiente, fuentes biológicas ( organismo , tejido , ubicación celular), condiciones ambientales ( pH , temperatura, tampón) y detalles de referencia. Los datos se adaptan, normalizan y anotan en vocabularios controlados, ontologías y fuentes de datos externas, incluidos KEGG , UniProt , ChEBI , PubChem , NCBI , Reactome , BRENDA , MetaCyc , BioModels y PubMed .
A octubre de 2021, SABIO-RK contiene alrededor de 71.000 entradas individuales curadas extraídas de más de 7.300 publicaciones.
Varias herramientas, bases de datos y flujos de trabajo en Biología de Sistemas hacen uso de los datos de reacciones bioquímicas de SABIO-RK mediante la integración en su marco, incluidos SYCAMORE, [6] MeMo-RK, [7] CellDesigner, [8] PeroxisomeDB, [9] flujos de trabajo de Taverna o herramientas como el software KineticsWizard para la captura y análisis de datos. [10] Además, SABIO-RK es parte del registro MIRIAM , un conjunto de pautas para la anotación y curación de modelos computacionales [11] [12]

Acceso a la base de datos SABIO-RK

El uso de SABIO-RK es gratuito. Los usuarios comerciales necesitan una licencia. SABIO-RK ofrece varias formas de acceder a los datos:

Los conjuntos de datos de resultados se pueden exportar en diferentes formatos, incluidos SBML , BioPAX / SBPAX y formato de tabla.

Referencias

  1. ^ Wittig, U; Rey, M; Weidemann, A; Kania, R; Müller, W (4 de enero de 2018). "SABIO-RK: un recurso actualizado para la cinética de reacciones bioquímicas seleccionada manualmente". Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D656–D660. doi :10.1093/nar/gkx1065. PMC  5753344 . PMID  29092055.
  2. ^ Wittig, U; Kania, R; Golebiewski, M; Rey, M; Shi, L; Jong, L; Algaa, E; Weidemann, A; Sauer-Danzwith, H; Mir, S; Krebs, O; Bittkowski, M; Wetsch, E; Rojas, I; Müller, W (enero de 2012). "SABIO-RK--base de datos para cinética de reacciones bioquímicas". Nucleic Acids Research . 40 (número de base de datos): D790-6. doi :10.1093/nar/gkr1046. PMC 3245076 . PMID  22102587. 
  3. ^ Rojas, I; Golebiewski, M; Kania, R; Krebs, O; Mir, S; Weidemann, A; Wittig, U (2007). "Almacenamiento y anotación de datos cinéticos". In Silico Biology . 7 (2 Suppl): S37–44. PMID  17822389.
  4. ^ Wittig, Ulrike; Golebiewski, Martin; Kania, Renate; Krebs, Olga; Mir, Saqib; Weidemann, Andreas; Anstein, Stefanie; Saric, Jasmin; Rojas, Isabel (2006). "SABIO-RK: Integración y curación de datos de cinética de reacción". Integración de datos en las ciencias de la vida . Apuntes de clase en informática. Vol. 4075. págs. 94–103. doi :10.1007/11799511_9. ISBN 978-3-540-36593-8.
  5. ^ Müller W. En: Pfade im Informationsdschungel Spektrum der Wissenschaft , Spektrum Spezial: Datengetriebene Wissenschaft, diciembre de 2011
  6. ^ Weidemann, A.; Richter, S.; Stein, M.; Sahle, S.; Gauges, R.; Gabdoulline, R.; Surovtsova, I.; Semmelrock, N.; et al. (2008). "SYCAMORE: un entorno de investigación de análisis y modelado computacional de biología de sistemas". Bioinformática . 24 (12): 1463–4. doi : 10.1093/bioinformatics/btn207 . PMID  18463116.
  7. ^ Swainston, Neil; Golebiewski, Martin; Messiha, Hanan L.; Malys, Naglis; Kania, Renate; Kengne, Sylvestre; Krebs, Olga; Mir, Saqib; et al. (2010). "Informática cinética enzimática: del instrumento al navegador". FEBS Journal . 277 (18): 3769–79. CiteSeerX 10.1.1.659.3420 . doi :10.1111/j.1742-4658.2010.07778.x. PMID  20738395. S2CID  20034434. 
  8. ^ Funahashi, A; Jouraku, A; Matsuoka, Y; Kitano, H (2007). "Integración de CellDesigner y SABIO-RK". Biología in silico . 7 (2 Suppl): S81–90. PMID  17822394.
  9. ^ Schluter, A.; Real-Chicharro, A.; Gabaldon, T.; Sanchez-Jimenez, F.; Pujol, A. (2009). "PeroxisomeDB 2.0: Una visión integradora del metaboloma peroxisomal global". Nucleic Acids Research . 38 (Número de la base de datos): D800–5. doi :10.1093/nar/gkp935. PMC 2808949 . PMID  19892824. 
  10. ^ Messiha, Hanan L.; Malys, Naglis; Carroll, Kathleen M. (2011). "Hacia una descripción cuantitativa completa del metabolismo de la levadura". Métodos en biología de sistemas . Métodos en enzimología. Vol. 500. págs. 215–231. doi :10.1016/B978-0-12-385118-5.00012-8. ISBN 978-0-12-385118-5. Número de identificación personal  21943900.
  11. ^ Juty, N.; Le Novere, N.; Laibe, C. (2011). "Identifiers.org y MIRIAM Registry: recursos comunitarios para proporcionar identificación persistente". Nucleic Acids Research . 40 (número de la base de datos): D580–6. doi :10.1093/nar/gkr1097. PMC 3245029 . PMID  22140103. 
  12. ^ SABIO-RK como parte del Registro MIRIAM

Referencias externas