El Campeonato Brasileiro Série A de 1999 fue la 43ª edición del Campeonato Brasileiro Série A.
Participaron 22 equipos y el campeonato lo ganó el Corinthians .
El criterio de descenso a la Serie B en 1999 fue el promedio de puntos obtenidos en 1999 y 1998. Los cuatro equipos con los promedios más bajos descenderían. La fórmula definida por la CBF para el promedio de puntos (PA) fue:
AP = ( (P98/23) + (P99/21) ) / 2
Siendo P98 el número de puntos en 1998 y P99 el número de puntos en 1999.
En cuanto a Gama y Botafogo-SP, que habían ascendido desde la Serie B y, por lo tanto, no disputaron la Serie A de 1998, la fórmula quedó reducida a:
PA = P99/21
Originalmente, los seis peores promedios de puntos eran:
Lo que significaría que Botafogo, Paraná, Juventude y Botafogo-SP descenderían. Sin embargo, los partidos de São Paulo contra Internacional y Botafogo fueron anulados y los puntos obtenidos por São Paulo en ambos partidos (tres contra Botafogo, uno contra Internacional) fueron otorgados a ambos clubes, debido a la alineación del jugador no elegible Sandro Hiroshi en ambos partidos. Entonces, los seis peores promedios de puntos fueron:
Esto significó que Botafogo escapó del descenso y Gama se unió a Botafogo/SP , Juventude y Paraná en la Serie B en 2000.
El Gama no aceptó la decisión y apeló. Las disputas judiciales duraron meses y la CBF fue impedida de organizar el Campeonato Brasileiro de 2000. El Clube dos 13 asumió la organización del campeonato, que recibió el nombre de Copa João Havelange , con la participación de 116 equipos divididos en 3 grupos.