Richard Bonneau

Biólogo computacional y científico de datos estadounidense

Richard Bonneau es un biólogo computacional y científico de datos estadounidense cuya investigación principal se centra en las siguientes áreas: redes de aprendizaje a partir de datos genómicos funcionales, predicción y diseño de estructuras proteínicas y peptiodomiméticas y aplicación de la ciencia de datos a las redes sociales. Profesor de la Universidad de Nueva York , ocupa puestos en el departamento de biología, el Centro de Ciencias de Datos y el Instituto Courant de Ciencias Matemáticas .

Biografía

Bonneau es vicepresidente de aprendizaje automático para el descubrimiento de fármacos en Genentech y líder del grupo de biología de sistemas en el centro de biología computacional del Instituto Flatiron . Anteriormente fue director del Centro de Ciencias de Datos de la Universidad de Nueva York .

Trabajo científico

En el área de predicción de estructuras, Bonneau fue uno de los primeros autores del código Rosetta, uno de los primeros códigos en demostrar la capacidad de predecir la estructura de proteínas en ausencia de homología de secuencia. ^{[1] [2]} Utilizando el World Community Grid de IBM para llevar a cabo el plegamiento de proteomas completos, su grupo también ha aplicado la predicción de estructuras al problema de la anotación del genoma y del proteoma. ^{[3] [4] [5]}

Su grupo ha hecho contribuciones clave en las áreas de análisis de datos genómicos, centrándose en dos áreas principales: 1. métodos para la inferencia de redes que descubren la dinámica y la topología a partir de los datos y 2. métodos que aprenden grupos co-regulados dependientes de la condición a partir de integraciones de diferentes tipos de datos genómicos. ^[6]

En 2013, él y sus colegas de la Universidad de Nueva York iniciaron un proyecto para examinar el impacto del uso de las redes sociales en las actitudes y la participación política mediante la aplicación de métodos de una variedad de disciplinas académicas. El proyecto, Social Media and Political Participation (SMaPP), se basa tanto en datos de encuestas como en datos de redes sociales disponibles públicamente para abordar una variedad de preguntas relacionadas con los procesos causales que dan forma a la participación política.

Inferencia de redes y biología de sistemas

Junto con Vestienn Thorsson, David Reiss y Nitin Baliga, desarrolló Inferelator y cMonkey, dos algoritmos que fueron fundamentales para el esfuerzo de aprender un modelo de todo el genoma de la red reguladora de Halobacterium . Baliga y Bonneau utilizaron su modelo para predecir la dinámica transcripcional de todo el genoma de la respuesta de la célula a nuevos entornos (publicación en Cell en diciembre de 2007). Este trabajo representa la primera reconstrucción totalmente basada en datos de una red reguladora de células que incluye el aprendizaje de parámetros cinéticos/dinámicos, así como la topología de la red.

Referencias

1. Renfrew PD, Campbell G, Strauss CEM, Bonneau R (2011) Reunión de desarrolladores de Rosetta 2010: la predicción y el diseño macromoleculares se unen a la publicación reproducible. PLoS ONE 6(8): e22431
2. Renfrew PD, Choi EJ, Bonneau R, Kuhlman B (2012) Incorporación de aminoácidos no canónicos en Rosetta y uso en el diseño computacional de interfaz proteína-péptido. PLoS ONE 7(3): e32637.
3. Drew K, Winters P, Butterfoss GL, Berstis V, Uplinger K, Armstrong J, Riffle M, Schweighofer E, Bovermann B, Goodlett DR, Davis TN, Shasha D, Malmström L, Bonneau R., Genome Res. 2011 noviembre; 21(11):1981-94.
4. El proyecto de plegamiento del proteoma: predicción de la estructura y la función a escala del proteoma (2011) Kevin Drew, Patrick Winters, GlennL. Butterfoss, Viktors Berstis, Keith Uplinger, Jonathan Armstrong, MichaelRiffle, Erik Schweighofer, Bill Bovermann, David R. Goodlett, Trisha N. Davis, Dennis Shasha, Lars Malmstrom y Richard Bonneau. Genome Research, 8 de agosto de 2011)
5. Bonneau, R, Facciotti, MT, Reiss, DJ, Madar A, Baliga, NS, et al. Un modelo predictivo para el control transcripcional de la fisiología en una célula viva libre. (2007) Cell. Dec 131:1354-1365
6. Maria Ciofani, Aviv Madar, Carolina Galan, MacLean Sellars, Kieran Mace, Florencia Pauli, Ashish Agarwal, Wendy Huang, Christopher N. Parkurst, Michael Muratet, Kim M. Newberry, Sarah Meadows, Alex Greenfield, Yi Yang, Preti Jain, Francis K. Kirigin, Carmen Birchmeier, Erwin F. Wagner, Kenneth M. Murphy, Richard M. Myers, Richard Bonneau, Dan R. Littman. Cell, 12 de octubre de 2012 (Vol. 151, Número 2, págs. 289-303)

Predicción de estructura

• Bonneau, R y Baker, D. (2001). Predicción de la estructura de proteínas ab initio: avances y perspectivas. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 30, 173-89.
• Bonneau, R., Dylan Chivian, Charlie EM Strauss, Carol Rohl, David Baker. (2002) Predicción de novo de estructuras tridimensionales para las principales familias de proteínas. JMB, 322(1):65-78.
• Bonneau R, Baliga NS, Deutsch EW, Shannon P, Hood L. (2004) Predicción integral de la estructura de novo en un contexto de biología de sistemas para la arquea Halobacterium sp. NRC-1. Genome Biology. 5(8):R52-68
• Mike Boxem, Zoltan Maliga, Niels J. Klitgord, Na Li, Irma Lemmens, Miyeko Mana, Lorenzo De Lichtervelde, Joram Mul, Diederik van de Peut, Maxime Devos, Nicolas Simonis, Anne-Lore Schlaitz, Murat Cokol, Muhammed A. Yildirim , Tong Hao, Changyu Fan, Chenwei Lin, Mike Tipsword, Kevin Drew, Matilde Galli, Kahn Rhrissorrakrai, David Drech-sel, David E. Hill, Richard Bonneau, Kristin C. Gunsalus, Frederick P. Roth, Fabio Piano, Jan Tavernier , Sander van den Heuvel, Anthony A. Hyman, Marc Vidal. Una red de interactomas basada en dominios de proteínas para la embriogénesis temprana de C. elegans. (2008) Celda, 134(3) págs. 534 – 545.
• Andersen-Nissen E, Smith KD, Bonneau R, Strong RK, Aderem A. Una superficie conservada en el receptor tipo Toll 5 reconoce la flagelina bacteriana. (2007) J Exp Med. 19 de febrero;204(2):393-403.

Genómica y biología de sistemas

• Bonneau, Richard. Aprendizaje de redes biológicas: de los módulos a la dinámica. Nature Chemical Biology 4, 658 - 664 (2008)
• Bonneau R, Reiss DJ, Shannon P, Hood L, Baliga NS, Thorsson V (2006) El Inferelator: un procedimiento para aprender redes reguladoras parsimoniosas a partir de conjuntos de datos de biología de sistemas de novo. Genome Biol. 7(5):R36.
• David J Reiss, Nitin S Baliga, Bonneau R. (2006) Biclustering integrado de conjuntos de datos heterogéneos de todo el genoma. BMC Bioinformatics. 7(1):280.

Enlaces externos

• Página de Google Académico del Dr. Bonneau