La reestructuración de la conferencia de la NCAA de 1996 se inició con la disolución de la Conferencia del Suroeste (SWC), la formación de la Conferencia Big 12 y la Conferencia USA (C-USA), y la expansión de la Conferencia Atlética del Oeste a 16 equipos. Esta "nueva" WAC finalmente no duró mucho, ya que ocho de sus 16 miembros abandonaron la conferencia en 1999 y fundaron la Conferencia Mountain West .
Durante la década de 1980, la SWC se vio afectada por el hecho de que dos tercios de sus miembros estuvieron en libertad condicional, en un momento u otro, por violaciones a las normas de reclutamiento de la NCAA (solo Arkansas, Baylor y Rice evitaron las sanciones de la NCAA). La más notable fue la relacionada con los escándalos de "Pony Express" en SMU, que dieron como resultado que el equipo de fútbol recibiera la pena de muerte en 1987. En ese momento, la NCAA prohibió que un programa en libertad condicional apareciera en televisión en vivo.
La salida de Arkansas de la SWC para unirse a la Southeastern Conference en 1990 dejó a la conferencia con ocho miembros, todos ellos ubicados en el estado de Texas, y eliminó el único programa relativamente fuerte libre de sanciones (Baylor y Rice también estaban libres de sanciones pero, al ser ambas escuelas privadas pequeñas, estaban entre los programas deportivos más débiles de la conferencia). La combinación de la cantidad de programas sancionados y la concentración de escuelas en un solo estado (más el débil desempeño de la conferencia en el campo; sus últimos ocho campeones de la conferencia no lograron ganar sus respectivos juegos de bowl) finalmente llevaron a la desaparición de la SWC.
En 1994, Texas , Texas A&M , Baylor y Texas Tech aceptaron invitaciones para unirse a los miembros de la Conferencia Big Eight para formar la Conferencia Big 12. Para la temporada de 1996, SMU , TCU y Rice aceptaron invitaciones para unirse a la WAC.
La C-USA fue fundada en 1995 por la fusión de la Conferencia Metro y la Conferencia Great Midwest , dos conferencias de la División I que no patrocinaban el fútbol en ese momento. La Universidad de Houston abandonó la Conferencia del Suroeste para unirse a la recién formada C-USA al año siguiente.