La recombinasa Hin es una proteína de 21 kD compuesta por 198 aminoácidos que se encuentra en la bacteria Salmonella . Hin pertenece a la familia de las recombinasas de serina (B2) de las invertasas de ADN en las que se basa en la serina del sitio activo para iniciar la escisión y recombinación del ADN. La proteína relacionada, la resolvasa gamma-delta, comparte una gran similitud con Hin, de la que se ha realizado mucho trabajo estructural, incluidas las estructuras unidas al ADN y los intermediarios de reacción . Hin funciona para invertir un segmento de ADN de 900 pares de bases ( pb ) dentro del genoma de la salmonela que contiene un promotor para los genes flagelares descendentes , fljA y fljB. La inversión del ADN intermedio alterna la dirección del promotor y, por lo tanto, alterna la expresión de los genes flagelares. Esto es ventajoso para la bacteria como medio de escape de la respuesta inmune del huésped .
Hin funciona uniéndose a dos secuencias repetidas invertidas imperfectas de 26 pb como un homodímero . Estos sitios de unión de hin flanquean el segmento invertible que no solo codifica el gen Hin en sí, sino que también contiene un elemento potenciador al que se unen las proteínas bacterianas Fis con afinidad nanomolar. Cuatro moléculas de Fis se unen a este sitio como homodímeros y son necesarias para que se lleve a cabo la reacción de recombinación.
La reacción inicial requiere la unión de Hin y Fis a sus respectivas secuencias de ADN y el ensamblaje en un complejo nucleoproteico de orden superior con superenrollamientos plectonémicos ramificados con la ayuda de la proteína de flexión de ADN HU. En este punto, se cree que la proteína Fis modula contactos sutiles para activar la reacción, posiblemente a través de interacciones directas con la proteína Hin. La activación de los 4 residuos de serina catalítica dentro del tetrámero Hin hace una ruptura de ADN bicatenario de 2 pb y forma un intermedio de reacción covalente. El evento de escisión del ADN también requiere el catión metálico divalente magnesio . Un gran cambio conformacional revela una gran interfaz hidrofóbica que permite la rotación de la subunidad que puede ser impulsada por la torsión superhelicoidal dentro del complejo proteína-ADN. Después de esta rotación de 180°, Hin regresa a su conformación nativa y vuelve a ligar el ADN escindido, sin la ayuda de cofactores de alta energía y sin la pérdida de ADN.