stringtranslate.com

Recursos de información sobre proteínas

El Protein Information Resource ( PIR ), ubicado en el Centro Médico de la Universidad de Georgetown , es un recurso bioinformático público integrado para respaldar la investigación genómica y proteómica y los estudios científicos. Contiene bases de datos de secuencias de proteínas [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7]

Historia

PIR fue creado en 1984 por la Fundación Nacional de Investigación Biomédica como un recurso para ayudar a los investigadores y clientes en la identificación e interpretación de la información de secuencias de proteínas . Antes de eso, la fundación recopiló la primera colección integral de secuencias macromoleculares en el Atlas de Secuencia y Estructura de Proteínas, publicado entre 1964 y 1974 bajo la dirección editorial de Margaret Dayhoff . Dayhoff y su grupo de investigación fueron pioneros en el desarrollo de métodos informáticos para la comparación de secuencias de proteínas, para la detección de secuencias distantemente relacionadas y duplicaciones dentro de secuencias, y para la inferencia de historias evolutivas a partir de alineaciones de secuencias de proteínas. [8]

Winona Barker y Robert Ledley asumieron el liderazgo del proyecto después de la muerte de Dayhoff en 1983. En 1999, Cathy H. Wu se unió a la Fundación Nacional de Investigación Biomédica, y más tarde al Centro Médico de la Universidad de Georgetown, para dirigir los esfuerzos de bioinformática del PIR, y se desempeñó primero como investigadora principal y, desde 2001, como directora. [ cita requerida ]

Durante cuatro décadas, PIR ha proporcionado numerosas bases de datos de proteínas y herramientas de análisis de libre acceso a la comunidad científica, incluida la Base de Datos de Secuencias de Proteínas, la primera base de datos internacional (véase PIR-International), que surgió del Atlas de Secuencias y Estructuras de Proteínas. [ cita requerida ]

En 2002, PIR, junto con sus socios internacionales, el Instituto Europeo de Bioinformática y el Instituto Suizo de Bioinformática , recibió una subvención de los NIH para crear UniProt , una única base de datos mundial de secuencias y funciones de proteínas, mediante la unificación de las bases de datos Protein Information Resource-Protein Sequence Database, Swiss-Prot y TrEMBL . A partir de 2010 , PIR ofrece una amplia variedad de recursos orientados principalmente a ayudar a la propagación y estandarización de la anotación de proteínas: PIRSF, [9] iProClass e iProLINK.

La ontología de proteínas es otra base de datos popular publicada por Protein Information Resource. [10] [11]

Referencias

  1. ^ http://pir.georgetown.edu/ Archivado el 12 de marzo de 2014 en Wayback Machine . Sitio web oficial del PIR en la Universidad de Georgetown.
  2. ^ Wu, Cathy; Nebert, Daniel W. (2004). "Actualización sobre la finalización y anotaciones del genoma: recurso de información sobre proteínas". Genómica humana . 1 (3): 229–33. doi : 10.1186/1479-7364-1-3-229 . PMC  3525084 . PMID  15588483.
  3. ^ Wu, CH (2003). "El recurso de información sobre proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 31 (1): 345–347. doi :10.1093/nar/gkg040. PMC 165487 . PMID  12520019. 
  4. ^ Wu, CH; Huang, H; Arminski, L; Castro-Alvear, J; Chen, Y; Hu, ZZ; Ledley, RS; Lewis, KC; Mewes, HW; Orcutt, BC; Suzek, BE; Tsugita, A; Vinayaka, CR; Yeh, LS; Zhang, J; Barker, WC (1 de enero de 2002). "El recurso de información de proteínas: un recurso público integrado de anotación funcional de proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 35–37. doi :10.1093/nar/30.1.35. ISSN  1362-4962. PMC 99125 . PMID  11752247. 
  5. ^ Barker, WC; Garavelli, JS; Hou, Z.; Huang, H.; Ledley, RS; McGarvey, PB; Mewes, HW; Orcutt, BC; Pfeiffer, F.; Tsugita, A.; Vinayaka, CR; Xiao, C.; Yeh, LS; Wu, C. (2001). "Recurso de información sobre proteínas: un recurso comunitario para la anotación experta de datos sobre proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 29 (1): 29–32. doi :10.1093/nar/29.1.29. PMC 29802 . PMID  11125041. 
  6. ^ Barker, WC (2000). "El recurso de información sobre proteínas (PIR)". Investigación de ácidos nucleicos . 28 (1): 41–44. doi :10.1093/nar/28.1.41. PMC 102418 . PMID  10592177. 
  7. ^ George, DG; Dodson, RJ; Garavelli, JS; Haft, DH; Hunt, LT; Marzec, CR; Orcutt, BC; Sidman, KE; Srinivasarao, GY; Yeh, L.-SL; Arminski, LM; Ledley, RS; Tsugita, A.; Barker, WC (1997). "El recurso de información sobre proteínas (PIR) y la base de datos de secuencias de proteínas PIR-International". Investigación de ácidos nucleicos . 25 (1): 24–27. doi :10.1093/nar/25.1.24. PMC 146415 . PMID  9016497. 
  8. ^ Izet, M (2016). "Los científicos más influyentes en el desarrollo de la informática médica (13): Margaret Belle Dayhoff". Acta Inform Med . 24 (4).
  9. ^ Wu, CH; Nikolskaya, A.; Huang, H.; Yeh, LS; Natale, DA; Vinayaka, CR; Hu, ZZ; Mazumder, R.; Kumar, S.; Kourtesis, P.; Ledley, RS; Suzek, BE; Arminski, L.; Chen, Y.; Zhang, J.; Cardenas, JL; Chung, S.; Castro-Alvear, J.; Dinkov, G.; Barker, WC (2004). "PIRSF: Sistema de clasificación familiar en el Protein Information Resource". Nucleic Acids Research . 32 (90001): 112D–114. doi :10.1093/nar/gkh097. PMC 308831 . PMID  14681371. 
  10. ^ "GeorgeTown.edu - Protein Ontology". Archivado desde el original el 10 de marzo de 2011. Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
  11. ^ Chicco, Davide; Masseroli, Marco (2019). "Ontologías biológicas y médicas: Ontología de proteínas (PRO)". Enciclopedia de bioinformática y biología computacional . págs. 832–837. doi :10.1016/B978-0-12-809633-8.20396-8. ISBN 9780128114322.S2CID66974875  .​