El río Quilacoya se ubica en la comuna de Hualqui , provincia de Concepción , Chile . Tiene un curso de unos 40 kilómetros con un caudal reducido. Se origina en las vertientes meridionales de la serie de alturas de Lucay que corren de este a oeste en la zona sur de la comuna de Florida . Corre hacia el suroeste para unirse con el río Bío Bío en la ribera norte a nueve kilómetros sobre la localidad de Hualqui .
El río Quillacoya fue la ubicación del rehue moluche de Quillacoya dentro del aillarehue de Hualqui . En la parte alta del río se une al riachuelo Millahue y otros pequeños arroyos en los que se descubrieron ricas minas de oro aluvial en 1552 por el gobernador Pedro de Valdivia . El gobernador formó allí una mina en octubre de 1553 con gran número de trabajadores mapuche , quienes la abandonaron inmediatamente después de su muerte a fines de ese año. La explotación de estas minas se reanudó más tarde, pero pronto se agotaron. El nombre Quilacoya deriva del mapudungun para tres coyán, formado de quyla , "tres", y de coyán , el nombre moluche para el Nothofagus obliqua .