El FC Pune City (R) fue el equipo de reserva del FC Pune City que participó en la segunda división de la I-League . La FC Pune City Academy fue el equipo juvenil del FC Pune City . Participaron en la Youth League U18 y U15, así como en la Pune Football League .
El 26 de agosto de 2016, se anunció que el FC Pune City había comprado la Academia del Pune FC y la había rebautizado con su nombre. Al mismo tiempo, el equipo dio a conocer sus planes de desarrollo juvenil, que incluían la formación de equipos en la Liga Juvenil U18 y U15, así como en la Copa Subroto y la Liga de Fútbol de Pune . [1]
Las reservas y la academia del FC Pune City se disolvieron en 2019, poco después de que su primer equipo, el FC Pune City, cerrara sus operaciones debido a dificultades financieras y técnicas. La propiedad del club se vendió. Los derechos de franquicia fueron adquiridos por el empresario de TI con sede en Hyderabad Vijay Madduri y el ex director ejecutivo del Kerala Blasters FC Varun Tripuneni. Posteriormente lanzaron un nuevo club, el Hyderabad FC .
Nota: Las banderas indican la selección nacional según lo definido en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad no perteneciente a la FIFA.