El proyecto 100K Pathogen Genome Project fue lanzado en julio de 2012 por Bart Weimer (UC Davis) como una asociación académica, pública y privada. [1] Su objetivo es secuenciar los genomas de 100.000 microorganismos infecciosos para crear una base de datos de secuencias de genomas bacterianos para su uso en salud pública, detección de brotes y detección de patógenos bacterianos. Esto acelerará el diagnóstico de enfermedades transmitidas por los alimentos y acortará los brotes de enfermedades infecciosas. [2]
El proyecto 100K Pathogen Genome es un proyecto de colaboración público-privado para secuenciar los genomas de 100.000 microorganismos infecciosos. El proyecto 100K Genome proporcionará una hoja de ruta para desarrollar pruebas que permitan identificar patógenos y rastrear sus orígenes más rápidamente. [3]
Los socios anunciados en el lanzamiento del proyecto fueron UC Davis , Agilent Technologies y la Administración de Alimentos y Medicamentos de los EE. UU. , con los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de los EE. UU. y el Departamento de Agricultura de los EE. UU. señalados como colaboradores. A medida que el proyecto ha avanzado, la asociación ha evolucionado para incluir o reemplazar a estos socios fundadores. [3] El Proyecto 100K Pathogen Genome fue seleccionado por el Consorcio de Seguridad Alimentaria IBM/Mars para secuencias metagenómicas. [4]
El proyecto 100K Pathogen Genome está llevando a cabo una secuenciación de próxima generación (NGS) de alto rendimiento para investigar los genomas de microorganismos específicos , y se realizará una secuenciación completa del genoma en una pequeña cantidad de microorganismos para su uso como genoma de referencia . La mayoría de las cepas bacterianas se secuenciarán y ensamblarán como genomas preliminares; sin embargo, el proyecto también ha producido genomas cerrados para una variedad de patógenos entéricos en el bioproyecto 100K. [5]
Esta estrategia permite la colaboración a nivel mundial para identificar conjuntos de biomarcadores genéticos asociados con rasgos patógenos importantes. Este proyecto de cinco años sobre patógenos microbianos dará como resultado una base de datos pública y gratuita que contendrá la información de la secuencia del genoma de cada patógeno. Las secuencias genéticas completas se almacenarán en la base de datos pública del Centro Nacional de Información Biotecnológica ( NCBI ) de los Institutos Nacionales de Salud ( NIH ) . [6] Mediante el uso de la base de datos, los científicos podrán desarrollar nuevos métodos para controlar las bacterias que causan enfermedades en la cadena alimentaria.