El proteoma oscuro se define como proteínas sin una estructura tridimensional definida. No se puede detectar ni analizar mediante el uso de modelos homólogos o cuantificación analítica porque se desconoce su conformación molecular. [1] Las proteínas oscuras están compuestas principalmente por incógnitas desconocidas. [2]
Se estima que aproximadamente el 14% del proteoma de las arqueas y las bacterias, y hasta el 44-54% del proteoma de los eucariotas y los virus, es oscuro. [2] El origen de estas proteínas oscuras no está claro. Una gran parte del proteoma oscuro es de origen viral. Las regiones de proteínas oscuras son oscuras debido a que se originaron en organismos inusuales sin suficientes parientes cercanos en las bases de datos de proteínas actuales para proporcionar datos proteína a proteína sobre alineaciones de secuencias y determinación de la estructura.
Las proteínas oscuras no son aplicables al paradigma de estructura-función que siguen todas las proteínas. Están compuestas predominantemente por proteínas intrínsecamente desordenadas (IDP) que son necesarias para ciertas funciones biológicas, como el empalme, la señalización transcripcional y postraduccional y la señalización a través de redes de proteínas. Estos procesos se ejecutan comúnmente intracelularmente, sin embargo, las proteínas oscuras están sobrerrepresentadas en la matriz extracelular y en el retículo endoplasmático. [1] Las proteínas oscuras se comportan de manera similar a los polímeros y son capaces de adoptar muchas, si no infinitas, conformaciones debido a la adaptabilidad de la cadena polipeptídica. [3] Esto se debe a la falta de estructura que proporciona flexibilidad y maniobrabilidad que ayuda en ciertos procesos ribosómicos y celulares. También están sobrerrepresentadas en ciertos tejidos secretores y en el entorno exterior que ayuda a la célula contra entornos celulares hostiles. [1] La función no se limita solo a la señalización y la defensa, aunque no se entiende completamente. "Las proteínas oscuras son en su mayoría incógnitas desconocidas" [1]
Actualmente, solo se utilizan técnicas computacionales y analíticas como infrarrojos (IR), dicroísmo circular (CR), espectrometría de masas (MS), experimento de molécula única , dispersión de rayos X de ángulo amplio , dispersión de rayos X de ángulo pequeño , dispersión de rayos X de ángulo amplio (WAXS), resonancia magnética nuclear (RMN) y filtración en gel . [4] Se recomienda una metodología acoplada con técnicas si faltan ciertos puntos de datos con el uso de un método; el método complementario puede servir para llenar ese vacío.