La subfamilia de proteínas es un nivel de clasificación de proteínas , basado en su relación evolutiva cercana . Se encuentra por debajo de los niveles más grandes de superfamilia de proteínas y familia de proteínas . [1]
Las proteínas suelen compartir mayores similitudes de secuencia y función con otros miembros de la subfamilia que con los miembros de su familia más amplia. [1] [2] Por ejemplo, en el sistema de clasificación de la base de datos de Clasificación estructural de proteínas , los miembros de una subfamilia comparten las mismas interfaces de interacción y socios de interacción . [3] Estos son criterios más estrictos que para una familia, donde los miembros tienen estructuras similares, pero pueden estar relacionados más distantemente y, por lo tanto, tienen diferentes interfaces. Las subfamilias se asignan mediante una variedad de métodos, incluida la similitud de secuencia , [4] motivos vinculados a la función, [5] o clado filogenético . [6] [7] No existe una distinción exacta y consistente entre una subfamilia y una familia. El mismo grupo de proteínas a veces puede describirse como una familia o una subfamilia, según el contexto.
Referencias
- ^ ab "¿Qué son las familias de proteínas?". EMBL-EBI Train online . 2011-11-18 . Consultado el 2018-03-08 .
- ^ Das, Sayoni; Orengo, Christine A. (2016). "Anotación de la función de las proteínas utilizando recursos de la familia de dominios proteicos" (PDF) . Métodos . 93 : 24–34. doi :10.1016/j.ymeth.2015.09.029. PMID 26434392.
- ^ Rausell, Antonio; Juan, David; Pazos, Florencio; Valencia, Alfonso (2010-02-02). "Interacciones proteicas y unión de ligandos: de las subfamilias proteicas a la especificidad funcional". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 107 (5): 1995–2000. Bibcode :2010PNAS..107.1995R. doi : 10.1073/pnas.0908044107 . PMC 2808218 . PMID 20133844.
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- ^ Eisen, Jonathan A.; Sweder, Kevin S.; Hanawalt, Philip C. (25 de julio de 1995). "Evolución de la familia de proteínas SNF2: subfamilias con secuencias y funciones distintas". Nucleic Acids Research . 23 (14): 2715–2723. doi :10.1093/nar/23.14.2715. ISSN 0305-1048. PMC 307096 . PMID 7651832.
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- ^ Mi, Huaiyu; Poudel, Sagar; Muruganujan, Anushya; Casagrande, John T.; Thomas, Paul D. (4 de enero de 2016). "PANTHER versión 10: familias de proteínas expandidas y funciones, y herramientas de análisis". Investigación de ácidos nucleicos . 44 (D1): D336–D342. doi :10.1093/nar/gkv1194. ISSN 0305-1048. PMC 4702852 . PMID 26578592.
Enlaces externos
- Base de datos SCOP en Cambridge, Reino Unido
- Base de datos de la estructura de la proteína CATH
