El término plasmidoma de un entorno se refiere a los plásmidos presentes en él. [1] El término es una combinación de las palabras inglesas Plasmid y Kingdom. En la investigación biológica, el término plasmidoma puede referirse a los plásmidos reales que se encontraron y aislaron de un determinado microorganismo mediante el cultivo de microorganismos aislados y la investigación de los plásmidos que posee o mediante la toma de una muestra ambiental y la realización de un estudio metagenómico utilizando métodos de secuenciación de próxima generación para revelar y caracterizar los genomas plasmídicos que pertenecen a ese entorno. [2]