Alphapithovirus , descrito por primera vez en un artículo de 2014, es un género de virus gigantes conocidos a partir de dos especies, Alphapithovirus sibericum , que infecta a las amebas , [2] [3] y Alphapithovirus massiliense . [4] Es un virus basado en ADN y es miembro del clado de virus de ADN grande nucleocitoplasmáticos . El descubrimiento de 2014 se realizó cuando se encontró un espécimen viable en un núcleo de hielo de 30.000 años de antigüedadextraído del permafrost en Siberia , Rusia.
Alphavirus es uno de los dos géneros de la familia Togaviridae, [5] Rubivirus (virus de la rubéola) y el otro género togavirus. [5] Flavivirus es un virus de ARN monocatenario transmitido especialmente por garrapatas y mosquitos. [6] Pithoviridae son virus gigantes que infectan a las amebas y poseen las partículas virales más grandes conocidas hasta ahora. [7]
El nombre del género Alphapithovirus , una referencia a los grandes contenedores de almacenamiento de la antigua Grecia conocidos como pithoi , fue elegido para describir la nueva especie. Un espécimen de Alphapithovirus mide aproximadamente 1,5 μm (1500 nm ) de longitud y 0,5 μm (500 nm) de diámetro, lo que lo convierte en el virus más grande encontrado hasta ahora. Es un 50% más grande en tamaño que Pandoraviridae , los virus más grandes conocidos anteriormente, [8] y es más grande que Ostreococcus , la célula eucariota más pequeña, aunque Pandoravirus tiene el genoma viral más grande, que contiene de 1,9 a 2,5 megabases de ADN . [9]
El alfapithovirus tiene una pared gruesa y ovalada con una abertura en un extremo. En su interior, su estructura se asemeja a un panal de abejas . [2]
El genoma de Alphapithovirus contiene 467 genes distintos , más que un virus típico, pero mucho menos que las 2556 supuestas secuencias codificantes de proteínas encontradas en Pandoravirus . [8] Por lo tanto, su genoma está mucho menos densamente empaquetado que cualquier otro virus conocido. Dos tercios de sus proteínas son diferentes a las de otros virus. A pesar de la similitud física con Pandoravirus , la secuencia del genoma de Alphapithovirus revela que apenas está relacionado con ese virus, pero se parece más a los miembros de Marseilleviridae , Megaviridae e Iridoviridae . [10] Todas estas familias contienen grandes virus icosaédricos con genomas de ADN. El genoma de Alphapithovirus tiene un contenido de GC del 36% , similar al de Megaviridae , en contraste con más del 61% de los pandoravirus. [11] La familia Orpheoviridae y el género Alphaorpheovirus , la familia Pithoviridae y el género Alphapithovirus , y la familia Cedratviridae y el género Alphacedratvirus han sido ratificados por el ICTV. [12]
El genoma del Alphapithovirus es un cromosoma de ADN bicatenario circular ( dsDNA ) de aproximadamente 610.000 pares de bases (pb), que codifica aproximadamente 467 marcos de lectura abiertos (ORF), que se traducen en 467 proteínas diferentes. [13] El genoma codifica todas las proteínas necesarias para producir ARNm ; estas proteínas están presentes en los viriones purificados. [10] Por lo tanto, el Alphapithovirus experimenta todo su ciclo de replicación en el citoplasma de su huésped , en lugar del método más típico de apoderarse del núcleo del huésped. [2] [10] [14]
Alphapithovirus sibericum fue descubierto en una muestra de permafrost siberiano de 30.000 años de antigüedad por Chantal Abergel y Jean-Michel Claverie de la Universidad de Aix-Marsella . [2] [15] El virus fue descubierto enterrado a 30 m (100 pies) debajo de la superficie de un sedimento del Pleistoceno tardío . [3] [10] Llamado Pithovirus sibericum , pertenece a una clase de virus gigantes que se descubrieron hace 10 años. [16] Se encontró cuando muestras de ribera recolectadas en 2000 fueron expuestas a amebas . [17] Las amebas comenzaron a morir y cuando se examinaron se encontró que contenían especímenes gigantes del virus. Los autores dijeron que tuvieron la idea de investigar muestras de permafrost en busca de nuevos virus después de leer sobre un experimento que revivió una semilla similar de Silene stenophylla dos años antes. [2] Los hallazgos sobre el Alphapithovirus se publicaron en las Actas de la Academia Nacional de Ciencias en marzo de 2014. [8] [11]
Aunque el virus es inofensivo para los humanos, su viabilidad después de estar congelado durante milenios ha suscitado preocupaciones de que el cambio climático global y las operaciones de perforación en la tundra podrían llevar al descubrimiento de virus no descubiertos previamente y potencialmente patógenos. [8] Sin embargo, otros científicos cuestionan que este escenario represente una amenaza real. [2]
En 2016 se aisló una especie moderna del género, Alphapithovirus massiliense . Las características principales, como el orden de los ORF y los genes huérfanos (ORFans), están bien conservadas entre las dos especies conocidas. [4]
Se ha estimado que la tasa de mutación del genoma es de 2,23 × 10 −6 sustituciones/sitio/año. [18] Los autores han sugerido que los dos Alphapithovirus conocidos divergieron hace unos doscientos mil años.
