El equipo de baloncesto masculino Pepperdine Waves 1999-2000 representó a la Universidad Pepperdine en la temporada 1999-2000 de baloncesto masculino de la División I de la NCAA . El equipo estaba dirigido por el entrenador en jefe de primer año Jan van Breda Kolff . Los Waves jugaron sus partidos en casa en el Firestone Fieldhouse y fueron miembros de la Conferencia de la Costa Oeste . Terminaron la temporada 25-9, 12-2 en el juego WCC para ganar el título de la conferencia de la temporada regular. Pepperdine perdió en el juego de campeonato del torneo de la Conferencia de la Costa Oeste , pero recibió una invitación general para el torneo de la NCAA como cabeza de serie número 11 en la región Este. En la primera ronda, los Waves sorprendieron al sembrado número 6 Indiana [1] , en lo que sería el último juego del entrenador en jefe Bobby Knight en la escuela, antes de caer ante Oklahoma State en la segunda ronda, 75-67. [2]
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