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PubMed

PubMed es una base de datos gratuita que incluye principalmente la base de datos MEDLINE de referencias y resúmenes sobre ciencias biológicas y temas biomédicos . La Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos (NLM) de los Institutos Nacionales de Salud mantiene la base de datos como parte del sistema Entrez de recuperación de información . [1]

Desde 1971 hasta 1997, el acceso en línea a la base de datos MEDLINE se había realizado principalmente a través de instalaciones institucionales, como bibliotecas universitarias . [2] PubMed, lanzado por primera vez en enero de 1996, marcó el comienzo de la era de la búsqueda privada y gratuita en MEDLINE desde el hogar y la oficina. [3] El sistema PubMed se ofreció gratuitamente al público a partir de junio de 1997. [2]

Contenido

Además de MEDLINE, PubMed proporciona acceso a:

Muchos registros de PubMed contienen enlaces a artículos de texto completo, algunos de los cuales están disponibles gratuitamente, a menudo en PubMed Central [5] y espejos locales, como Europe PubMed Central . [6]

La información sobre las revistas indexadas en MEDLINE y disponibles a través de PubMed se encuentra en el Catálogo NLM. [7]

Al 23 de mayo de 2023 , PubMed tiene más de 35 millones de citas y resúmenes que datan desde 1966, selectivamente hasta el año 1865 y muy selectivamente hasta 1809. A la misma fecha , 24,6 millones de registros de PubMed están listados con sus resúmenes, y 26,8 millones de registros tienen enlaces a versiones de texto completo (de los cuales 10,9 millones de artículos están disponibles, en texto completo de forma gratuita). [8] Durante los últimos 10 años (hasta el 31 de diciembre de 2019), se agregaron un promedio de casi un millón de nuevos registros cada año.

En 2016, NLM cambió el sistema de indexación para que los editores puedan corregir directamente errores tipográficos y errores en los artículos indexados en PubMed. [9]

Se ha informado que PubMed incluye algunos artículos publicados en revistas depredadoras. Las políticas de MEDLINE y PubMed para la selección de revistas para su inclusión en bases de datos son ligeramente diferentes. Las debilidades en los criterios y procedimientos para la indexación de revistas en PubMed Central pueden permitir que las publicaciones de revistas depredadoras se filtren a PubMed. [10]

Características

Diseño de sitios web

En octubre de 2009 se lanzó una nueva interfaz de PubMed que fomentaba el uso de fórmulas de búsqueda rápidas, similares a las de Google; también se las ha descrito como búsquedas de "telegrama". [11] De manera predeterminada, los resultados se ordenan por Más reciente, pero esto se puede cambiar a Mejor coincidencia, Fecha de publicación, Primer autor, Último autor, Revista o Título. [12]

El diseño y el dominio del sitio web de PubMed se actualizaron en enero de 2020 y se convirtieron en predeterminados el 15 de mayo de 2020, con las características actualizadas y nuevas. [13] Hubo una reacción crítica de muchos investigadores que utilizan el sitio con frecuencia. [14]

PubMed para dispositivos móviles y de mano

Se puede acceder a PubMed/MEDLINE a través de dispositivos portátiles, utilizando por ejemplo la opción "PICO" (para preguntas clínicas específicas) creada por la NLM. [15] También está disponible la opción "PubMed Mobile", que brinda acceso a una versión simplificada y compatible con dispositivos móviles de PubMed. [16]

Buscar

Se pueden realizar búsquedas simples en PubMed ingresando aspectos clave de un tema en la ventana de búsqueda de PubMed.

PubMed traduce esta formulación de búsqueda inicial y agrega automáticamente nombres de campos, términos MeSH (encabezados de temas médicos) relevantes, sinónimos, operadores booleanos y "anida" los términos resultantes de manera apropiada, mejorando significativamente la formulación de búsqueda, en particular al combinar rutinariamente (usando el operador OR) palabras de texto y términos MeSH. [ cita requerida ]

Los ejemplos dados en un tutorial de PubMed [17] demuestran cómo funciona este proceso automático:

Causas El sonambulismo se traduce como ("etiología"[Subtítulo] O "etiología"[Todos los campos] O "causas"[Todos los campos] O "causalidad"[Términos MeSH] O "causalidad"[Todos los campos]) Y ("sonambulismo"[Términos MeSH] O "sonambulismo"[Todos los campos] O ("dormir"[Todos los campos] Y "caminar"[Todos los campos]) O "sonambulismo"[Todos los campos])

Asimismo,

Prevención de Ataque Suave Aspirina se traduce como ("infarto de miocardio"[Términos MeSH] O ("miocardio"[Todos los campos] Y "infarto"[Todos los campos]) O "infarto de miocardio"[Todos los campos] O ("corazón"[Todos los campos] Y "ataque"[Todos los campos]) O "ataque cardíaco"[Todos los campos]) Y ("aspirina"[Términos MeSH] O "aspirina"[Todos los campos]) Y ("prevención y control"[Subtítulo] O ("prevención"[Todos los campos] Y "control"[Todos los campos]) O "prevención y control"[Todos los campos] O "prevención"[Todos los campos])

Para realizar búsquedas óptimas en PubMed, es necesario conocer su componente principal, MEDLINE, y especialmente el vocabulario controlado MeSH (Medical Subject Headings) que se utiliza para indexar los artículos de MEDLINE. También pueden requerir estrategias de búsqueda complejas, uso de nombres de campos (etiquetas), uso adecuado de límites y otras características; los bibliotecarios de referencia y los especialistas en búsquedas ofrecen servicios de búsqueda. [18] [19]

La búsqueda en la ventana de búsqueda de PubMed sólo se recomienda para la búsqueda de temas unívocos o de nuevas intervenciones que aún no tengan un encabezado MeSH creado, así como para la búsqueda de marcas comerciales de medicamentos y nombres propios. También es útil cuando no hay un encabezado adecuado o el descriptor representa un aspecto parcial. La búsqueda mediante el tesauro MeSH es más precisa y dará menos resultados irrelevantes. Además, ahorra el inconveniente de la búsqueda de texto libre en la que hay que tener en cuenta las diferencias ortográficas, singular/plural o abreviadas. Por otro lado, no se encontrarán artículos incorporados más recientemente a la base de datos a los que aún no se les haya asignado descriptores. Por lo tanto, para garantizar una búsqueda exhaustiva, se debe utilizar una combinación de encabezados de lenguaje controlado y términos de texto libre. [20]

Parámetros del artículo de revista

Cuando se indexa un artículo de una revista, se extraen y almacenan numerosos parámetros del artículo como información estructurada. Estos parámetros son: tipo de artículo (términos MeSH, p. ej., "ensayo clínico"), identificadores secundarios (términos MeSH), idioma, país de la revista o historial de publicación (fecha de publicación electrónica, fecha de publicación en la revista impresa).

Tipo de publicación: Consultas clínicas/revisiones sistemáticas

El parámetro de tipo de publicación permite realizar búsquedas por tipo de publicación , incluidos informes de diversos tipos de investigación clínica. [21]

Identificación secundaria

Desde julio de 2005, el proceso de indexación de artículos de MEDLINE extrae identificadores del resumen del artículo y los coloca en un campo llamado Identificador secundario (SI). El campo de identificador secundario se utiliza para almacenar números de acceso a varias bases de datos de secuencias moleculares, expresión genética o compuestos químicos e identificadores de ensayos clínicos. En el caso de los ensayos clínicos, PubMed extrae los identificadores de los ensayos de los dos registros de ensayos más grandes: ClinicalTrials.gov (identificador NCT) y el Registro Internacional Normalizado de Números de Ensayos Controlados Aleatorizados (identificador IRCTN). [22]

Véase también

Se puede marcar una referencia que se considere particularmente relevante y se pueden identificar "artículos relacionados". Si es relevante, se pueden seleccionar varios estudios y se pueden generar artículos relacionados con todos ellos (en PubMed o en cualquiera de las otras bases de datos NCBI Entrez) utilizando la opción "Buscar datos relacionados". A continuación, los artículos relacionados se enumeran en orden de "relación". Para crear estas listas de artículos relacionados, PubMed compara palabras del título y el resumen de cada cita, así como los encabezados MeSH asignados, utilizando un potente algoritmo de ponderación de palabras. [23] Se ha considerado que la función "artículos relacionados" es tan precisa que los autores de un artículo sugirieron que se puede utilizar en lugar de una búsqueda completa. [24]

Asignación a MeSH

PubMed enlaza automáticamente a términos y subtítulos MeSH. Algunos ejemplos serían: "mal aliento" enlaza a (e incluye en la búsqueda) "halitosis", "ataque cardíaco" a "infarto de miocardio", "cáncer de mama" a "neoplasias de mama". Cuando corresponde, estos términos MeSH se "expanden" automáticamente, es decir, incluyen términos más específicos. Términos como "enfermería" se enlazan automáticamente a "Enfermería [MeSH]" o "Enfermería [Subtítulo]". Esta característica se llama Asignación automática de términos y se activa, de forma predeterminada, en la búsqueda de texto libre, pero no en la búsqueda de frases exactas (es decir, encerrando la consulta de búsqueda entre comillas dobles). [25] Esta característica hace que las búsquedas de PubMed sean más sensibles y evita los resultados falsos negativos (perdidos) al compensar la diversidad de la terminología médica. [25]

PubMed no aplica el mapeo automático del término en las siguientes circunstancias: al escribir la frase citada (por ejemplo, "aloinjerto de riñón"), cuando se trunca en el asterisco (por ejemplo, aloinjerto de riñón*) y cuando se busca con etiquetas de campo (por ejemplo, Cáncer [ti]). [20]

Mi NCBI

La función opcional de PubMed "My NCBI" (con registro gratuito) proporciona herramientas para

y una amplia gama de otras opciones. [26] Se puede acceder al área "My NCBI" desde cualquier computadora con acceso a la web. Una versión anterior de "My NCBI" se llamaba "PubMed Cubby". [27]

Enlace de salida

LinkOut es una herramienta de la NLM para vincular y poner a disposición el texto completo de las publicaciones periódicas locales. [28] Alrededor de 3200 sitios (principalmente instituciones académicas) participan en esta herramienta de la NLM (a marzo de 2010 ), desde la Universidad de Aalborg en Dinamarca hasta ZymoGenetics en Seattle. [29] Los usuarios de estas instituciones ven el logotipo de su institución dentro del resultado de búsqueda de PubMed (si la publicación se encuentra en esa institución) y pueden acceder al texto completo. LinkOut se está consolidando con Outside Tool a partir de la actualización principal de la plataforma que se realizará en el verano de 2019. [30]

PubMed Commons

En 2016, PubMed permite a los autores de artículos comentar los artículos indexados por PubMed. Esta función se probó inicialmente en modo piloto (desde 2013) y se hizo permanente en 2016. [31] En febrero de 2018, PubMed Commons se suspendió debido a que "su uso se ha mantenido mínimo". [32] [33]

pregúntele a MEDLINE

askMEDLINE, una herramienta de consulta en lenguaje natural y texto libre para MEDLINE/PubMed, desarrollada por la NLM, también adecuada para dispositivos portátiles. [34]

Identificador de PubMed

Un PMID (identificador de PubMed o identificador único de PubMed) [35] es un valor entero único , que comienza en 1, asignado a cada registro de PubMed. Un PMID no es lo mismo que un PMCID (identificador de PubMed Central), que es el identificador de todos los trabajos publicados en PubMed Central, de libre acceso . [36]

La asignación de un PMID o PMCID a una publicación no le dice al lector nada sobre el tipo o la calidad del contenido. Los PMID se asignan a cartas al editor , opiniones editoriales, columnas de opinión y cualquier otro artículo que el editor elija incluir en la revista, así como a artículos revisados ​​por pares. La existencia del número de identificación tampoco es prueba de que los artículos no hayan sido retractados por fraude, incompetencia o mala conducta. El anuncio sobre cualquier corrección a los artículos originales puede tener asignado un PMID.

Cada número que se introduce en la ventana de búsqueda de PubMed se trata de forma predeterminada como si fuera un PMID. Por lo tanto, cualquier referencia en PubMed se puede localizar mediante el PMID.

Interfaces alternativas

MEDLINE es una de las bases de datos a las que se puede acceder a través de PubMed. Varias empresas ofrecen acceso a MEDLINE a través de sus plataformas.

La Biblioteca Nacional de Medicina alquila la información de MEDLINE a varios proveedores privados, como Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder y muchos otros proveedores comerciales, no comerciales y académicos. [37] Hasta octubre de 2008 , se habían emitido más de 500 licencias, más de 200 de ellas a proveedores fuera de los Estados Unidos. Como las licencias para usar los datos de MEDLINE están disponibles de forma gratuita, la NLM proporciona en efecto un campo de pruebas gratuito para una amplia gama [38] de interfaces alternativas y adiciones de terceros a PubMed, una de las pocas bases de datos grandes y curadas profesionalmente que ofrece esta opción.

Lu identifica una muestra de 28 versiones actuales y gratuitas de PubMed basadas en la Web, que no requieren instalación ni registro, que se agrupan en cuatro categorías: [38]

  1. Clasificación de resultados de búsqueda, por ejemplo: eTBLAST ; MedlineRanker; [39] MiSearch; [40]
  2. Agrupar los resultados por temas, autores, revistas, etc., por ejemplo: Anne O'Tate ; [41] ClusterMed; [42]
  3. Mejorar la semántica y la visualización, por ejemplo: EBIMed; [43] MedEvi. [44]
  4. Interfaz de búsqueda mejorada y experiencia de recuperación, por ejemplo, askMEDLINE [45] [46] BabelMeSH; [47] y PubCrawler. [48]

Como la mayoría de estas y otras alternativas se basan esencialmente en datos de PubMed/MEDLINE alquilados bajo licencia de la NLM/PubMed, se ha sugerido el término "derivados de PubMed". [38] Sin la necesidad de almacenar unos 90 GB de conjuntos de datos originales de PubMed, cualquiera puede escribir aplicaciones de PubMed utilizando la interfaz del programa eutils-application, como se describe en "The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More", de Eric Sayers, PhD. [49] Varios generadores de formatos de citas, que toman números PMID como entrada, son ejemplos de aplicaciones web que utilizan la interfaz del programa eutils-application. Las páginas web de muestra incluyen Citation Generator – Mick Schroeder, Pubmed Citation Generator – Ultrasound of the Week, PMID2cite y Cite this for me.

Minería de datos de PubMed

Los métodos alternativos para extraer datos de PubMed utilizan entornos de programación como Matlab , Python o R. En estos casos, las consultas de PubMed se escriben como líneas de código y se pasan a PubMed, y la respuesta se procesa directamente en el entorno de programación. El código se puede automatizar para realizar consultas sistemáticas con diferentes palabras clave como enfermedad, año, órganos, etc.

Además de su papel tradicional como base de datos biomédica, PubMed se ha convertido en un recurso común para el entrenamiento de modelos de lenguaje biomédico . [50] Los avances recientes en este campo incluyen el desarrollo de modelos como PubMedGPT, un modelo de parámetros 2.7B entrenado en datos de PubMed por Stanford CRFM, y BiomedCLIP-PubMedBERT de Microsoft, que utiliza pares de figuras y leyendas de PubMed Central para el procesamiento de visión y lenguaje. Estos modelos demuestran el potencial significativo de los datos de PubMed para mejorar las capacidades de la IA en la investigación médica y las aplicaciones de atención médica. Estos avances subrayan la creciente intersección entre la minería de datos a gran escala y el desarrollo de la IA en el campo biomédico.

Los datos a los que se puede acceder mediante PubMed se pueden reflejar localmente utilizando una herramienta no oficial como MEDOC. [51]

Millones de registros de PubMed se suman a varios conjuntos de datos abiertos sobre acceso abierto , como Unpaywall . Las bibliotecas utilizan herramientas de análisis de datos como Unpaywall Journals para ayudar con las cancelaciones de grandes acuerdos : las bibliotecas pueden evitar suscripciones a materiales que ya se ofrecen mediante acceso abierto instantáneo a través de archivos abiertos como PubMed Central. [52]

Véase también

Referencias

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Enlaces externos

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  • Identificador de publicación de PubMed (P698) (ver usos )