Otón III ( c. 1218 - 19 de junio de 1248), miembro de la Casa de Andechs , fue conde de Borgoña desde 1231 y último duque de Merania (numerado Otón II ) desde 1234 hasta su muerte.
Otón era el único hijo del duque Otón I de Merania y de la condesa Beatriz II de Borgoña . Sucedió a su madre como conde de Borgoña a su muerte en 1231, y a su padre como duque de Andechs y Merania a su muerte en 1234. Ese mismo año se casó con Isabel, hija del conde Alberto IV de Tirol . El matrimonio no tuvo hijos.
Aún menor de edad, Otón permaneció bajo la tutela de su pariente Andechs, el obispo Ekbert de Bamberg , hasta 1236. Cuando alcanzó la mayoría de edad, dejó la administración del condado de Borgoña ( Franco Condado ) al rey Teobaldo I de Navarra para dedicarse a la Lucha por sus posesiones bávaras contra la casa ducal de Wittelsbach . Perdió su posición como vogt de la abadía de Tegernsee , así como la sede ancestral en Andechs , pero conservó la posesión de Innsbruck , que elevó a ciudad en 1239 y puso bajo la administración de su suegro, el conde Alberto IV de Tirol. En 1242 entregó el Franco Condado en empeño al duque Hugo IV de Borgoña .
En sus últimos años, Otto se concentró en las propiedades de su familia en Franconia . En la feroz controversia entre el emperador Federico II y el papa Inocencio IV , se puso del lado de su señor feudal, el obispo de Bamberg, lo que le valió una proscripción imperial y una pérdida a gran escala de sus posesiones. Al igual que sus antepasados Andechs, benefició a la abadía cisterciense de Langheim , Franconia , donde fue enterrado tras su muerte en 1248. También había conferido a la vecina Lichtenfels derechos de ciudad en 1231. Sin hijos, fue sucedido en Borgoña por su hermana Adelaida y su marido, el conde Hugo de Chalon , mientras expiró el ducado de Merania. Con la muerte del tío de Otón, el patriarca Berthold de Aquileia en 1251, la Casa de Andechs se extinguió.