El equipo de fútbol americano Northern Iowa Panthers de 2016 representó a la Universidad de Northern Iowa en la temporada de fútbol americano FCS de la División I de la NCAA de 2016. El equipo fue entrenado por Mark Farley en su decimosexta temporada y jugó sus partidos de local en el UNI-Dome . Fueron miembros de la Conferencia de Fútbol del Valle de Missouri . Terminaron la temporada con 5-6, 4-4 en la MVFC para terminar empatados en el cuarto lugar.