Nanoscale Molecular Dynamics ( NAMD , anteriormente Not Another Molecular Dynamics Program ) [1] es un software informático para simulación de dinámica molecular , escrito utilizando el modelo de programación paralela Charm++ (que no debe confundirse con CHARMM ). Se destaca por su eficiencia paralela y se utiliza a menudo para simular sistemas grandes (millones de átomos ). [2] Ha sido desarrollado por la colaboración del Grupo de Biofísica Teórica y Computacional (TCB) y el Laboratorio de Programación Paralela (PPL) de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign .
Fue introducido en 1995 por Nelson et al. como un código de dinámica molecular paralela que permite la simulación interactiva mediante la vinculación con el código de visualización VMD. Desde entonces, NAMD ha madurado, añadiendo muchas características y escalando más allá de los 500.000 núcleos de procesador. [3]
NAMD tiene una interfaz con los paquetes de química cuántica ORCA y MOPAC , así como una interfaz con scripts para muchos otros paquetes cuánticos. [4] Junto con Visual Molecular Dynamics (VMD) y QwikMD, [5] la interfaz de NAMD proporciona acceso a simulaciones híbridas QM/MM en una suite integrada, completa, personalizable y fácil de usar. [6]
NAMD está disponible como software gratuito para uso no comercial por parte de individuos, instituciones académicas y corporaciones para usos comerciales internos.
Véase también
Referencias
- ^ "Flexibilidad e interoperabilidad en un código de dinámica molecular paralela" (posdata) .
- ^ "NAMD Un programa de dinámica molecular orientado a objetos paralelos" (PDF) .
- ^ "NAMD: Dinámica molecular escalable". Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) . Universidad de Illinois en Urbana-Champaign . Consultado el 1 de agosto de 2016 .
- ^ "NAMD híbrido QM/MM". Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) . Universidad de Illinois en Urbana-Champaign . Consultado el 26 de marzo de 2018 .
- ^ Ribeiro, João V.; Bernardi, Rafael C.; Rudack, Till; Stone, John E.; Phillips, James C.; Freddolino, Peter L.; Schulten, Klaus (2016). "QwikMD - Kit de herramientas de dinámica molecular integradora para principiantes y expertos". Scientific Reports . 6 : 26536. Bibcode :2016NatSR...626536R. doi :10.1038/srep26536. PMC 4877583 . PMID 27216779.
- ^ Melo, Marcelo C R.; Bernardi, Rafael C.; Rudack, Till; Scheurer, Maximilian; Riplinger, Christoph; Phillips, James C.; Maia, Julio D C.; Rocha, Gerd B.; Ribeiro, João V.; Stone, John E.; Neese, Frank; Schulten, Klaus; Luthey-Schulten, Zaida (2018). "NAMD se vuelve cuántico: una suite integradora para simulaciones híbridas". Nature Methods . 15 (5): 351–354. doi :10.1038/nmeth.4638. PMC 6095686 . PMID 29578535.
Enlaces externos
Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre NAMD .
- Sitio web oficial , en el sitio web de TCB
- Página de NAMD en el sitio web de PPL
- NAMD en GPU
