El formato de archivo extensible NEXUS se utiliza ampliamente en bioinformática . Almacena información sobre taxones , caracteres morfológicos y moleculares, distancias, códigos genéticos, suposiciones, conjuntos, árboles, etc. [1] Varios programas filogenéticos populares como PAUP* , [2] MrBayes , [3] Mesquite, [4] MacClade [5] y SplitsTree [6] utilizan este formato.
Un archivo NEXUS está formado por un encabezado fijo #NEXUSseguido de varios bloques. Cada bloque comienza con BEGIN block_name;y termina con END;. Las palabras clave no distinguen entre mayúsculas y minúsculas. Los comentarios se incluyen entre corchetes [...]. [7]
Existen algunos nombres de bloques predefinidos para los tipos de datos más comunes. Algunos ejemplos son: [7]
((A,B),C);:El siguiente ejemplo utiliza los tres tipos de bloques anteriores:
#NEXOComienza TAXA; Dimensiones ntax=4; Etiquetas de impuestos SpaceDog SpaceCat SpaceOrc SpaceElf;Fin;Iniciar datos; Dimensiones nchar=15; Formato tipo de datos=adn faltante=? gap=- matchchar=.; Matriz [ Cuando una posición es un "matchchar", significa que es la misma que la primera entrada en la misma posición. ] SpaceDog atgctagctagctcg Gato espacial ......??...-.a. Orco espacial ...t.......-.g. [ lo mismo que atgttagctag-tgg ] Elfo espacial ...ejército de reserva. ;Fin;COMIENZAN LOS ARBOLES; Árbol árbol1 = (((PerroEspacial,GatoEspacial),OrcoEspacial,ElfoEspacial));FIN;