El equipo de fútbol americano New Mexico Lobos de 2006 representó a la Universidad de Nuevo México durante la temporada de fútbol americano de la División I de la NCAA de 2006. Nuevo México compitió como miembro de la Conferencia Mountain West (MW) y jugó sus partidos de local en el Estadio Universitario . Los Lobos fueron dirigidos por el entrenador en jefe de noveno año Rocky Long .
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