Nematode.net es un recurso disponible al público dedicado al estudio de los nematodos parásitos . [1] [2] Surgió a partir de un proyecto de etiquetas de secuencia expresada (EST) que comenzó en el Instituto Genómico de la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington . El sitio se lanzó en 2000 para acompañar el proyecto “Un enfoque genómico de los parásitos del filo Nematoda”, [3] financiado por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas ( NIAID ). Fue creado para proporcionar acceso a los datos de este proyecto y como un recurso más amplio para la comunidad científica que estudia los nematodos parásitos. [4]
Historia
El primer nematodo modelo que se secuenció fue Caenorhabditis elegans . También fue el primer genoma completamente secuenciado de un organismo multicelular que se completó. [5] Nematode.net se basó en estos esfuerzos para poner a disposición las secuencias genéticas de nematodos parásitos relevantes desde el punto de vista médico y económico. [4] Los nematodos parásitos humanos, o gusanos redondos, tienen amplias implicaciones para la salud mundial, y producen una carga de enfermedades que supera la malaria y la tuberculosis . [6] Los nematodos parásitos de las plantas causan más de 100 mil millones de dólares en daños anuales a los cultivos en todo el mundo. [7]
Herramientas
Cuando Nematode.net comenzó en 2000, ofrecía un repositorio de búsqueda de secuencias EST de nematodos que no estaban disponibles en ningún otro lugar. [4] El sitio ahora también proporciona herramientas para visualizar proteínas y vías metabólicas, [8] y una plataforma de genómica comparativa que puede ayudar en la investigación de medicamentos, vacunas y pesticidas contra nematodos. [9]
Las herramientas disponibles en Nematode.net incluyen:
- HelmCoP: un recurso en línea que tiene como objetivo ayudar a los investigadores a desarrollar estrategias para la priorización de medicamentos, vacunas y pesticidas, al tiempo que proporciona una plataforma de genómica comparativa útil . [10]
- NemaBLAST: una herramienta que permite la alineación de secuencias de proteínas o nucleótidos definidas por el usuario con transcripciones de nematodos o lecturas de ADNc organizadas por organismo o biblioteca. [11]
- NemaPath: una herramienta para explorar vías metabólicas (y otras) en varios nematodos. En el modo de organismo único, esta herramienta llena imágenes de vías en función del mérito de alinear las transcripciones o genes con los identificadores de ortología KEGG (KO) que se sabe que existen en esa vía. En el modo de organismo dual, esta herramienta permite la comparación del uso de la vía de dos nematodos cualesquiera en la base de datos. También están disponibles vistas comparativas específicas de hospedadores y clados. [12]
- NemaGene: una herramienta de minería de datos que permite al usuario buscar transcripciones por nombre o explorar la expresión de transcripciones por etapa del ciclo de vida en un organismo determinado. [13]
- NemaFam: una colección de regiones conservadas de proteínas relacionadas con los nematodos. [14]
- NemaBrowse: un visualizador de datos para genes predichos a partir de genomas de nematodos. [15]
- NemaSNP: un recurso en línea que muestra variaciones genéticas entre poblaciones de nematodos. [16]
Referencias
- ^ Martin J, Abubucker S, Heizer E, Taylor CM, Mitreva M. (2012) Actualización de Nematode.net 2011: adición de conjuntos de datos y herramientas que incluyen datos de secuenciación de próxima generación. "Nucleic Acids Research". 40 (número de la base de datos): D720-D728.
- ^ Martin J, Abubucker S, Wylie T, Yin Y, Wang Z, Mitreva M. (2009) Actualización de Nematode.net 2008: mejoras que permiten una extracción de datos más eficiente y una genómica comparativa de nematodos. Nucleic Acids Research. 37 (suppl 1): D571-D578.
- ^ Información del proyecto del NIH sobre "'Un enfoque genómico de los parásitos del filo Nematoda'"
- ^ abc Wylie T, Martin J, Dante M, Mitreva M, Clifton SC, Chinwalla A, Waterston RH, Wilson RK, McCarter JP. (2004) Nematode.net: una herramienta para navegar secuencias de nematodos parásitos y de vida libre Nucleic Acids Research. 32 (suppl 1): D423-D426.
- ^ C. elegans Sequencing Consortium. (1998) Secuencia genómica del nematodo C. elegans: una plataforma para investigar la biología. Science. 11 de diciembre; 282(5396): 2012-8.
- ^ Hotez PJ, Brindley PJ, Bethony JM, King CH, Pearce EJ, Jacobson J. (2008) Infecciones por helmintos: las grandes enfermedades tropicales desatendidas. Journal of Clinical Investigation. Abr;118(4):1311-21.
- ^ Jasmer DP, Groverse A, Smant, G. (2003) Interacciones de nematodos parásitos con mamíferos y plantas. Annu. Rev. Phytopathol. 41, 245–270.
- ^ Wylie T, Martin J, Abubucker S, Yin Y, Messina D, Wang Z, McCarter JP, Mitreva M. (2009) NemaPath: exploración en línea de vías metabólicas basadas en KEGG para nematodos. BMC Genomics . 4;9:525.
- ^ Abubucker S, Martin J, Taylor CM, Mitreva M. (2011) HelmCoP: un recurso en línea para la genómica funcional de helmintos y la priorización de objetivos de fármacos y vacunas. PLoS One . 6(7):e21832. Publicación electrónica 8 de julio de 2011.
- ^ "HelmCoP". nematode.net .
- ^ "NemaBLAST". nematode.net .
- ^ "NemaPath". nematode.net .
- ^ "NemaGene". nematode.net .
- ^ "NemaFam". nematode.net .
- ^ "NemaNavegador". nematode.net .
- ^ "NemaSNP". nematode.net .
Enlaces externos
