Nde I es una endonucleasa aislada de Neisseria denitrificans .
En biología molecular , se utiliza comúnmente como enzima de restricción .
Secuencia de reconocimiento de Nde I: [1]
CATÁLOGO DE 5'3'GTATAC
Los finales generados por Nde I digieren:
5'---CA TATG---3'3'---GTAT AC---5'
Nde I es una enzima de restricción específica de tipo II que corta secuencias diana específicas, a diferencia de las exonucleasas . [2] Esta enzima se utiliza en la clonación de genes para cortar marcos de lectura abiertos en el plásmido de ciertas bacterias como E. coli e insertar un gen extraño, como el gen gfpuv que codifica la biofluorescencia de la medusa Aequorea victoria .
Nde I es útil para generar un constructo de ADN heterólogo porque contiene el codón de inicio ATG. Por lo tanto, se puede utilizar en algunos vectores de expresión , como los de la serie de vectores pET, para la ligadura del inicio de un gen al realizar un constructo de expresión. [3] [4] Sin embargo, tenga en cuenta que Nde I genera solo un saliente de dos bases y, por lo tanto, tiene una temperatura de fusión más baja que otras enzimas de restricción que generan un saliente de cuatro bases. [2] Tiene una menor eficiencia de ligadura , [5] ya que la ligadura se ve afectada por la capacidad de los extremos para recocerse y un saliente de dos bases tiene una temperatura de fusión significativamente más baja en comparación con un saliente de 4 bases. Por lo tanto, la ligadura de los extremos generados por Nde I se realiza mejor con una mayor concentración de ligasa con un tiempo de ligadura más largo, ya sea a temperatura ambiente, 14-16 ° C, o a 4 ° C.