UCSC Malaria Genome Browser es una herramienta de investigación bioinformática para estudiar el genoma de la malaria , desarrollada por Hughes Undergraduate Research Laboratory junto con el laboratorio del Prof. Manuel Ares Jr. en la Universidad de California, Santa Cruz . [1]
La interfaz web y la estructura de la base de datos se basan en el UCSC Genome Browser . [2] [3] UCSC Malaria Genome Browser reúne en una sola pantalla las secuencias de ADN completas de varias especies del parásito de la malaria ( Plasmodium sp. ), junto con resultados experimentales y genes descubiertos previamente recopilados de la literatura. El programa permite a los usuarios buscar en 14 cromosomas del genoma del parásito de la malaria, ingresar sus propios datos de secuencia y notas, y comparar hallazgos entre especies. Malaria Genome Browser también admite búsquedas basadas en texto y secuencia que brindan acceso rápido y preciso a cualquier región de interés específico en el genoma de la malaria. Este sitio contiene la secuencia del genoma de referencia y el borrador de trabajo del ensamblaje para Plasmodium falciparum de PlasmoDb , [4] la base de datos del genoma de Plasmodium versión 5.0.
Referencias
- ^ Chakrabarti K.; Pearson, M; Grate, L; Sterne-Weiler, T; Deans, J; Donohue, JP; Ares Jr, M (2007). "ARN estructurales de función conocida y desconocida identificados en parásitos de la malaria mediante genómica comparativa y análisis de ARN". ARN . 13 (11): 923–39. doi :10.1261/rna.751807. PMC 2040097 . PMID 17901154.
- ^ Mangan, M.; Williams J.; Lathe, S.; Karolchik, D.; Lathe, W. (2008). "Navegador de genoma de la UCSC: gran apoyo para la investigación biomédica molecular". Biotechnology Annual Review . 14 : 63–108. doi :10.1016/S1387-2656(08)00003-3. ISBN 9780444532268. Número de identificación personal 18606360.
- ^ Kuhn, R.; et al. (2009). "Base de datos del navegador de genoma de la UCSC: actualización de 2009". Nucleic Acids Research . 37 (número de la base de datos): D755–D761. doi :10.1093/nar/gkn875. PMC 2686463 . PMID 18996895.
- ^ "El recurso del genoma del Plasmodium". PlasmoDB.org . Consultado el 7 de mayo de 2015 .
Enlaces externos
- Navegador del genoma de la malaria de la UCSC
- Navegador de genomas de la UCSC para especies humanas, de vertebrados, de invertebrados y de otros tipos
- Página del laboratorio de Ares
- Tutoriales del navegador Genome Browser de la UCSC
