Muhammad Khan ( Chagatai y persa : محمد خان) era hijo de Khizr Khoja y fue Khan de Moghulistan desde 1408 hasta 1415.
Entre los hermanos de Muhammad Khan se encontraba Shams-i-Jahan . Después de Esen Buqa Khan , a excepción de Tughlugh Timur Khan , no quedó nadie en el país de los mogoles que fuera del primer rango de Khákáns. Después de la muerte de Tughlugh Timur, Amir Kamaruddin asesinó a todos los hijos de Tughlugh, de modo que no quedó nadie más que Khizr Khwaja Khan . Este último Khan dejó muchos hijos y nietos; sin embargo, los detalles de las vidas de todos ellos no se han conservado en las tradiciones mogoles.
En los registros mogoles se afirma que el propio Amir Khudaidad elevó a seis kanes al Kanato, y Muhammad Khan fue uno de ellos.
Muhammad Khan construyó un Rabát en el lado norte del desfiladero de Chádir Kul. En la construcción de este edificio, empleó piedras de gran tamaño, como sólo se pueden ver en los templos [Imárát] de Cachemira. El Rabát contiene un vestíbulo de entrada de 20 gaz* de altura. Cuando se entra por la puerta principal, se gira a la derecha por un pasillo que mide 30 gaz. Luego se llega a una cúpula de unos 20 gaz, y de hermosas proporciones. Hay un pasillo alrededor de la cúpula, y en los lados de la misma; y en el pasillo mismo hay hermosas celdas. En el lado occidental, también hay una mezquita de 15 gaz de altura, que tiene más de veinte puertas. Todo el edificio es de piedra, y sobre las puertas hay enormes bloques sólidos de piedra, que me parecieron muy maravillosos, antes de haber visto los templos de Cachemira. Fue sucedido por Sher Muhammad como Khan de Moghulistán .
En Baburnama , Babur describió la genealogía de su abuelo materno Yunas Khan como:
"Yunas Khan descendió de Chaghatai Khan, el segundo hijo de Chingiz Khan (como sigue), Yunas Khan, hijo de Wais Khan, hijo de Sher-'ali Aughlon, hijo de Muhammad Khan, hijo de Khizr Khwaja Khan, hijo de Tughluq- timur Khan, hijo de Aisan-bugha Khan, hijo de Dawa Khan, hijo de Baraq Khan, hijo de Yesuntawa Khan, hijo de Muatukan, hijo de Chaghatai Khan, hijo de Chingiz Khan" [2]
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