"El motivo de ARN hopC es un elemento regulador cis predicho identificado mediante una pantalla bioinformática para estructuras secundarias de ARN conservadas" . [1] Los ARN de hopC se encuentran exclusivamente en bacterias clasificadas dentro del género Helicobacter , algunas de las cuales son patógenos humanos que infectan el estómago y pueden causar úlceras .
Los ARN de hopC se encuentran aguas arriba de un operón de dos genes llamados hopC y hopB (también llamados alpa y alpB ). Los experimentos sobre el inicio de la transcripción del operón hopCB [2] indican que los ARN de hopC se encuentran dentro de la región 5' no traducida de este operón. El operón hopCB se induce a niveles más altos de expresión en respuesta a un pH bajo . [2] Esto encaja con los datos de que HopCB participa en la unión a las células epiteliales humanas , [3] lo cual presumiblemente es algo que hacen las bacterias durante la infección del ambiente de pH bajo del estómago.
Trabajos anteriores sugirieron que una repetición de 13 nucleótidos de timidina podría estar implicada en la regulación de la abundancia del operón hopCB . [2] Sin embargo, esta región de 13 nucleótidos se encuentra aguas arriba del sitio de inicio de la transcripción y, por lo tanto, es independiente de los ARN del motivo hopC .