El lenguaje de consulta molecular ( MQL ) fue diseñado para permitir métodos de búsqueda más complejos y específicos de problemas en quimioinformática . A diferencia de las consultas SMARTS ampliamente utilizadas , MQL permite especificar las propiedades espaciales y fisicoquímicas de átomos y enlaces. Además, se puede ampliar fácilmente para manejar gráficos no basados en átomos, también conocidos como gráficos de "características reducidas". El lenguaje de consulta se basa en un formulario extendido Backus-Naur (EBNF) que utiliza JavaCC .