La Prelatura Territorial de los Mixes ( en latín : Praelatura Territorialis Mixepolitanus ) es un territorio misionero de la Iglesia latina o prelatura territorial de la Iglesia católica en México . Es sufragánea de la provincia eclesiástica de la Arquidiócesis metropolitana de Antequera . La prelatura lleva el nombre de la ciudad de San Juan Juquila Mixes y del pueblo mixe , con sede episcopal de Ayutla .
La Prelatura Territorial de Mixes fue erigida el 21 de diciembre de 1964.
El actual ordinario, Salvador Cleofás Murguía Villalobos, es salesiano de Don Bosco de la provincia de México-Guadalajara (MEG). Tras su mandato como provincial, fue destinado al Departamento Central de Formación de los Salesianos de Don Bosco, en Roma . En 2018 fue nominado para suceder a Mons. Héctor Guerrero Córdova como obispo de la Prelatura de Mixes.