La Misión de Buenos Oficios de las Naciones Unidas en el Afganistán y el Pakistán (UNGOMAP) se creó en mayo de 1988, durante la guerra afgano-soviética , para ayudar a garantizar la aplicación de los acuerdos sobre la solución de la situación relativa al Afganistán e investigar y denunciar posibles violaciones de cualquiera de las disposiciones de los acuerdos. El Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas confirmó su creación en la Resolución 622 (1988).
El 15 de agosto de 1988, el ejército soviético retiró casi el 50 por ciento de sus tropas (unos 50.000 hombres) de Afganistán , evacuando 10 guarniciones principales y entregándolas a las fuerzas armadas afganas . Otras 8 guarniciones permanecieron bajo control soviético hasta el final de la retirada el 15 de febrero de 1989.
La UNGOMAP recibió numerosas denuncias tanto del Afganistán como del Pakistán sobre supuestas violaciones de los Acuerdos de Ginebra . El Afganistán denunció actividades políticas y propaganda hostiles al Gobierno del Afganistán que tenían lugar en el Pakistán , cruces de fronteras de hombres y material del Pakistán al Afganistán, disparos transfronterizos, actos de sabotaje , ataques con cohetes contra importantes centros urbanos, violaciones del espacio aéreo afgano por parte de aeronaves paquistaníes, la continua presencia en el Pakistán de campos de entrenamiento y depósitos de armas para grupos de la oposición afgana y la participación directa de personal militar paquistaní en el interior del Afganistán, así como restricciones impuestas a los refugiados que deseaban regresar al Afganistán. Las denuncias del Pakistán incluían acusaciones de actividades políticas y propaganda hostiles al Gobierno del Pakistán, bombardeos y violaciones de su espacio aéreo por parte de aeronaves afganas, actos de sabotaje y disparos transfronterizos, incluido el uso de misiles Scud contra territorio del Pakistán.
La UNGOMAP hizo todo lo posible por investigar las denuncias presentadas por ambas partes. Sin embargo, una serie de dificultades obstaculizaron la eficacia de la labor de los equipos de inspección de la Misión, entre ellas, la naturaleza accidentada del terreno, el tiempo transcurrido hasta que se denunciaron muchos de los presuntos incidentes y las condiciones de seguridad reinantes en la zona de operaciones.
La UNGOMAP también mantuvo una estrecha cooperación con el Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (ACNUR). En particular, estaba dispuesta a supervisar la situación en el interior del Afganistán e informar al ACNUR sobre las condiciones de seguridad necesarias para el retorno y reasentamiento de los refugiados . Se calculaba que en Pakistán y el Irán vivían hasta cinco millones de refugiados . Sin embargo, como continuaban los combates en el Afganistán, las condiciones seguían siendo inestables y sólo un número limitado de refugiados regresó al país.
El mandato de la UNGOMAP terminó formalmente el 15 de marzo de 1990.