El equipo de baloncesto masculino Minnesota Golden Gophers 2005-06 representó a la Universidad de Minnesota en la temporada de baloncesto universitario de 2005-2006. El entrenador en jefe del equipo , Dan Monson , estaba en su séptima temporada con los Gophers y el equipo jugó sus partidos de local en el Williams Arena en Minneapolis, Minnesota y son miembros de la Conferencia Big Ten .
Después de haber llegado al torneo de la NCAA el año anterior, los Gophers tuvieron resultados dispares a lo largo de la temporada. El equipo solo pudo ganar dos partidos como visitante, pero derrotó a tres equipos de los 20 mejores en casa en los partidos de la conferencia. Después de perder ante el eventual ganador del torneo de la conferencia, Iowa , los Gophers aceptaron una invitación al NIT , donde le darían a sus fanáticos locales una última victoria antes de ser derrotados como visitantes por Cincinnati en la segunda ronda.
El equipo de baloncesto Minnesota Golden Gophers de 2005-06 no fue clasificado durante la temporada.