El equipo de baloncesto masculino Minnesota Golden Gophers 2006-07 representó a la Universidad de Minnesota en la temporada de baloncesto universitario de 2006-2007. El entrenador en jefe del equipo , Dan Monson , comenzó su octava temporada con los Gophers solo para renunciar después de un comienzo de 2 victorias y 5 derrotas. El entrenador asistente Jim Molinari se hizo cargo por el resto de la temporada de manera interina. Los Golden Gophers jugaron sus partidos como locales en el Williams Arena en Minneapolis, Minnesota y son miembros de la Conferencia Big Ten .
Tras una corta participación en el NIT al final de la temporada anterior, los Gophers, que no contaban con jugadores de último año en su plantel, comenzaron el 2006 en una mala racha. Después de perder 4 partidos consecutivos, los últimos 3 en el Old Spice Classic inaugural en Orlando para terminar últimos, los Gophers fueron derrotados duramente en casa por Clemson el 29 de noviembre. El entrenador en jefe Dan Monson anunció al día siguiente que renunciaría a sus funciones de entrenador, afirmando: "Es hora de que alguien más dé el siguiente paso y eso es tener más éxito en la cancha del que yo tuve". [2] El entrenador asistente Jim Molinari fue designado como entrenador en jefe interino, pero los Gophers nunca pudieron comenzar bien su temporada, terminando con un decepcionante récord de 9 victorias y 22 derrotas.
El equipo de baloncesto Minnesota Golden Gophers de 2006-07 no fue clasificado durante la temporada.