OMA ( Orthologous MAtrix ) es una base de datos de ortólogos extraídos de genomas completos disponibles . [1] [2] Las predicciones de ortología de OMA están disponibles en varias formas:
- Pares OMA: para un gen determinado, se proporciona una lista de ortólogos previstos en otras especies .
- Grupos OMA: un conjunto de genes de diferentes especies que son todos ortólogos .
- Grupos jerárquicos OMA: el conjunto de todos los genes que han evolucionado a partir de un único gen ancestral en un rango taxonómico determinado .
- Vista de par de genomas de OMA: la lista de todos los ortólogos previstos entre dos especies .
Véase también
Referencias
- ^ ab Altenhoff, Adrian M; Schneider Adrian; Gonnet Gaston H; Dessimoz Christophe (enero de 2011). "OMA 2011: inferencia de ortología entre 1000 genomas completos". Nucleic Acids Res . 39 (número de la base de datos). Inglaterra: D289-94. doi :10.1093/nar/gkq1238. PMC 3013747 . PMID 21113020.
- ^ Altenhoff, Adrian M; Glover, Natasha M; Train, Clément-Marie; Kaleb, Klara; Warwick Vesztrocy, Alex; Dylus, David; de Farias, Tarcisio M; Zile, Karina; Stevenson, Charles; Long, Jiao; Redestig, Henning; Gonnet, Gaston H; Dessimoz, Christophe (2018). "La base de datos de ortología OMA en 2018: recuperación de relaciones evolutivas entre todos los dominios de la vida a través de interfaces web y programáticas más ricas". Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D477–D485. doi :10.1093/nar/gkx1019. ISSN 0305-1048. PMC 5753216 . PMID 29106550.
