Roger Federer derrotó a Fernando González en la final por 7-5, 6-1, 6-0 y ganó el título de tenis individual en el Abierto de Madrid de 2006. No perdió ningún set durante el torneo.
Rafael Nadal era el campeón defensor, pero perdió en cuartos de final ante Tomáš Berdych .
Este torneo marcó el primer partido a nivel profesional jugado entre Novak Djokovic y Andy Murray , quienes luego jugarían un total de 36 partidos a nivel ATP Tour entre sí ; Djokovic ganó su encuentro de tercera ronda.
El campeón se indica en negrita, mientras que el texto en cursiva indica la ronda en la que fue eliminado. Los dieciséis preclasificados pasaron directamente a la segunda ronda.
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Roger Federer (campeón)
Rafael Nadal (cuartos de final)
Ivan Ljubičić (segunda ronda)
David Nalbandian (semifinales)
Nikolay Davydenko (segunda ronda)
Andy Roddick (tercera ronda) Tommy Robredo (tercera ronda) James Blake (segunda ronda)
Marcos Baghdatis (segunda vuelta)
Fernando González (final)
Tomáš Berdych (semifinales) Mario Ančić (segunda ronda)
Tommy Haas (tercera ronda) David Ferrer (segunda ronda).svg/1280px-Flag_of_Serbia_(2004%E2%80%932010).svg.png){kind=small}
Novak Djokovic (cuartos de final) Juan Carlos Ferrero (segunda ronda)