El equipo de fútbol Marshall Thundering Herd de 2000 representó a la Universidad Marshall en la temporada de fútbol de la División IA de la NCAA de 2000. El Thundering Herd jugó sus partidos de local en el estadio de la Universidad Marshall en Huntington, Virginia Occidental , y compitió en la División Este de la Conferencia Mid-American (MAC). El equipo fue entrenado por el entrenador principal en su quinto año, Bob Pruett . Marshall ganó su cuarto campeonato MAC consecutivo.