Margarita de Bohemia (29 de septiembre de 1373 - 4 de junio de 1410) fue la hija menor del emperador del Sacro Imperio Romano Germánico Carlos IV y su cuarta esposa, Isabel de Pomerania . Entre sus hermanos se encontraban Ana de Bohemia y el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico Segismundo .
En 1381, Margarita se casó con Juan III, burgrave de Núremberg . El matrimonio sólo tuvo un hijo:
Margarita murió en 1410, a la edad de treinta y seis años, y su marido murió diez años más tarde, en 1420; no volvió a casarse tras la muerte prematura de Margarita.
Su hija Isabel dio a luz a una nieta, también llamada Isabel. La Isabel menor estaba comprometida con Alberto III, duque de Baviera , pero en su lugar se casó con Juan III de Werdenberg.