El Neuroscience Information Framework es un repositorio de recursos web globales sobre neurociencia , que incluye bases de datos de neurociencia experimental , clínica y traslacional , bases de conocimiento, atlas y recursos genéticos / genómicos , y proporciona muchos enlaces autorizados en todo el portal de neurociencia de Wikipedia.
El Marco de Información sobre Neurociencias (NIF) es una iniciativa del Plan de Investigación sobre Neurociencias del NIH, que fue establecido en 2004 por los Institutos Nacionales de Salud . [1]
El desarrollo del NIF comenzó en 2008, cuando la Facultad de Medicina de la Universidad de California en San Diego obtuvo un contrato del NIH para crear y mantener "un inventario dinámico de datos, recursos y herramientas de neurociencias basados en la web a los que los científicos y estudiantes pueden acceder a través de cualquier computadora conectada a Internet". [2] [3] El proyecto está dirigido por Maryann Martone, codirectora del Centro Nacional de Investigación en Microscopía e Imágenes (NCMIR), parte del Centro multidisciplinario de Investigación en Sistemas Biológicos (CRBS), con sede en la UC San Diego. Junto con los investigadores principales Jeffrey S. Grethe y Amarnath Gupta, Martone lidera una colaboración nacional que incluye investigadores de la Universidad de Yale , el Instituto de Tecnología de California , la Universidad George Mason , Harvard y la Universidad de Washington .
A diferencia de los motores de búsqueda generales , NIF proporciona un acceso mucho más profundo a un conjunto enfocado de recursos que son relevantes para la neurociencia, estrategias de búsqueda adaptadas a la neurociencia y acceso a contenido que tradicionalmente está "oculto" de los motores de búsqueda web . El NIF es un inventario dinámico de bases de datos de neurociencia, anotadas e integradas con un sistema unificado de terminología biomédica (es decir, NeuroLex ). NIF admite consultas basadas en conceptos en múltiples escalas de estructura biológica y múltiples niveles de función biológica, lo que facilita la búsqueda y la comprensión de los resultados. NIF también proporcionará un registro a través del cual los proveedores de recursos pueden divulgar la disponibilidad de recursos relevantes para la investigación en neurociencia. NIF no está destinado a ser un almacén o repositorio en sí mismo, sino un medio para divulgar y localizar recursos en otros lugares disponibles a través de la web .
La ontología estándar NIFSTD, u NIF, contiene muchos de los términos, sinónimos y abreviaturas útiles para la neurociencia, así como categorías dinámicas como clases de células definidas en función de diversas propiedades, como neurona por neurotransmisor o por función en el circuito, o drogas de abuso según los Institutos Nacionales sobre Abuso de Drogas. Cualquier término (con sinónimos asociados) o categoría dinámica (todos los términos con sus sinónimos) se puede utilizar para consultar simultáneamente todos los datos que actualmente indexa NIF. A continuación, encontrará varios ejemplos:
El contenido del NIF se puede considerar como un catálogo (Registro NIF) y una búsqueda profunda en bases de datos (Federación de Datos NIF)
Se puede encontrar una lista de recursos actuales en www.neuinfo.org/registry
La idea de NIF es que, si bien las bases de datos científicas tienen una gran cantidad de interfaces, algunas bastante complejas, debería existir una forma uniforme de verlas y buscar en ellas. Esta idea de búsqueda uniforme se ha extendido a los servicios, de modo que los desarrolladores puedan aprovechar el trabajo realizado en NIF para mejorar sus propias aplicaciones obteniendo acceso a todos los datos disponibles a través de la interfaz de NIF.
Cuando los datos se hacen públicos a través de NIF, también se encuentran disponibles de inmediato a través de servicios web. Estos servicios web RESTful pueden considerarse funciones de programación que pueden integrarse en otras aplicaciones. Actualmente, los datos pueden consultarse y extraerse como una fuente XML y varios otros sitios extraen datos NIF a través de servicios, incluidos DOMEO y Eagle i. Los desarrolladores pueden aprender a acceder a los datos consultando el archivo WADL disponible en http://neuinfo.org/developers
A continuación se presentan algunos servicios RESTful públicos a los que pueden acceder los estudiantes o que pueden utilizar para crear aplicaciones:
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/annotate?content=The%20cerebellum%20is%20a%20wonderful%20thing&longestOnly=true
La URL contiene el texto que desea anotar, la entrada, que es "El cerebelo es algo maravilloso". Para cambiar esto, puede intentar usar cualquier otro texto. La salida del servicio devolverá la oración con una etiqueta SPAN que indica que reconoció el término cerebelo y que es un tipo de estructura anatómica. Los términos que no se reconocen se devuelven sin etiquetas span. Tenga en cuenta que el parámetro longestOnly=true es opcional, lo que significa que solo se reconocerá el conjunto de términos más largo y, en este ejemplo, no hace ninguna diferencia, pero en términos como neurona del hipocampo, solo devolverá una respuesta.
Los desarrolladores pueden usar las etiquetas span para recuperar información sobre el término reconocido porque el identificador es único y está vinculado a definiciones, sinónimos, otras regiones del cerebro y, en algunos casos, imágenes: para una versión legible para humanos, consulte
* http://neurolex.org/wiki/Neuroscience_Information_Framework/Birnlex_1489
Para una versión legible por máquina, consulte
* http://nif-services.neuinfo.org/ontoquest/concepts/Birnlex_1489?get_super=true
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/vocabulary?prefix=hippocampu
El ejemplo anterior muestra la finalización del término "hippocampu", pero puede intentar escribir en la URL cualquier otro conjunto de letras. El resultado del servicio es un conjunto de términos que coinciden con esta cadena, incluidos: Hippocampus y muchas células del hipocampo.
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/federation/data/nlx_144509-1?q=miame
El Registro NIF es una fuente de datos y este servicio devolverá todos los elementos del registro que coincidan con el término de búsqueda en particular. En este caso, el término es miame, como en el estándar miame. Para utilizar esta función de recuperación de datos, puede escribir los términos de consulta al final de esta URL además del término miame o en lugar de él. Esto funcionará de la misma manera que escribir los términos en el cuadro de búsqueda aquí:
* https://neuinfo.org/mynif/search.php?q=hippocampus&t=registry
Nota, asegúrese de verificar los términos y condiciones de cualquier fuente de datos, los términos y condiciones están disponibles como cortesía en NIF, pero también puede consultar con las fuentes individuales que desea incorporar en sus aplicaciones, todos los datos descritos anteriormente son propiedad de NIF y están cubiertos por la licencia Creative Commons Attribution, por lo que se pueden distribuir y compartir libremente.