Marco Emilio Escauro era hijo de Marco Emilio Escauro (pretor en el año 56 a. C.) y de Mucia Tercia , exesposa de Pompeyo el Grande . Sexto Pompeyo era su medio hermano.
Acompañó a Sexto a Asia tras la derrota de su flota en Sicilia a manos del general de Octavio , Marco Agripa . En el año 35 a. C., traicionó a su hermano ante los generales de Marco Antonio .
Después de la batalla de Actium , Emilio cayó en manos de Octavio, pero pudo escapar de la muerte gracias a la intercesión de su madre, Mucia.
Marco Emilio tuvo un hijo, Mamerco , que se destacó como poeta y orador.