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Madagascar (software)

Madagascar es un paquete de software para análisis de datos multidimensionales y experimentos computacionales reproducibles .

La tecnología desarrollada utilizando el sistema de gestión de proyectos de Madagascar se transfiere en forma de historiales de procesamiento registrados, que se convierten en "recetas computacionales" que los usuarios del sistema pueden verificar, intercambiar y modificar.

Características

El medio ambiente de Madagascar se compone de:

  1. Programas independientes para análisis de datos fuera del núcleo;
  2. Programas independientes para procesamiento e imágenes de datos geofísicos;
  3. Un kit de desarrollo para C, C++, Java, Fortran-77, Fortran-90, Python, Matlab y Octave;
  4. Un marco para experimentos numéricos reproducibles, basado en SCons ;
  5. Un marco para publicaciones científicas, basado en SCons y LaTeX ;
  6. Una colección de artículos científicos reproducibles que también se utilizan como ejemplos de uso y pruebas de regresión para los programas independientes;
  7. Una colección de conjuntos de datos utilizados como entrada para experimentos numéricos reproducibles.

Guión de ejemplo

A continuación se muestra un archivo SConstruct de ejemplo [1]

desde  rsf.proj  importar  *Recuperar ( 'wz.35.H' , 'wz' )Flujo ( 'viento' , 'wz.35.H' , 'dd form=native | ventana n1=400 j1=2 | smooth rect1=3' ) Trazado ( 'viento' , 'pow pow1=2 | gris' )Flujo ( 'mute' , 'wind' , 'mutter v0=0.31 half=n' ) Trama ( 'mute' , 'pow pow1=2 | grey' )Resultado ( 'dinamarca' , 'viento mudo' , 'SideBySideAniso' )Fin ()

Tenga en cuenta que SConstruct por sí solo no hace ningún trabajo más que establecer reglas para construir diferentes objetivos. Los objetivos se construyen cuando uno ejecuta scons en la línea de comando. [2] Ejecutar scons produce

bash$ sconsscons: Lectura de archivos SConscript...scons: terminé de leer los archivos SConscript.scons: Construcción de objetivos...recuperar(["wz.35.H"], [])< wz.35.H /RSF/bin/sfdd formulario=nativo | /RSF/bin/sfwindow n1=400 j1=2 | /RSF/bin/sfsmooth rect1=3 > viento.rsf< wind.rsf /RSF/bin/sfpow pow1=2 | /RSF/bin/sfgrey > viento.vpl< wind.rsf /RSF/bin/sfmutter v0=0.31 half=n > mute.rsf< mute.rsf /RSF/bin/sfpow pow1=2 | /RSF/bin/sfgrey > silencio.vpl/RSF/bin/vppen yscale=2 vpstyle=n gridnum=2,1 wind.vpl mute.vpl > Fig/denmark.vplscons: objetivos de construcción terminados.

Licencia

Madagascar es software libre y tiene licencia GPL .

Historia

Madagascar se presentó públicamente por primera vez en el taller EAGE celebrado en Viena en junio de 2006. Sergey Fomel inició el trabajo sobre el paquete (anteriormente denominado RSF) en 2003. Desde entonces, muchas personas han contribuido a él. [3]

Aunque está escrito principalmente desde cero, Madagascar toma prestadas ideas del diseño de SEPlib, un paquete de código abierto mantenido por Bob Clapp en el Proyecto de Exploración de Stanford (SEP). Generaciones de estudiantes e investigadores de la SEP contribuyeron a SEPlib. Las contribuciones más importantes provinieron de Rob Clayton, Jon Claerbout , Dave Hale, Stew Levin, Rick Ottolini, Joe Dellinger, Steve Cole, Dave Nichols, Martin Karrenbach, Biondo Biondi y Bob Clapp.

Madagascar también toma prestadas ideas de Seismic Unix (SU), un paquete mantenido por John Stockwell en el Centro para el Fenómeno de Ondas (CWP) de la Escuela de Minas de Colorado (Stockwell, 1997; [4] Stockwell, 1999 [5] ). Los principales contribuyentes a SU incluyeron a Einar Kjartansson, Shuki Ronen, Jack Cohen, Chris Liner, Dave Hale y John Stockwell. SU adoptó una licencia estilo BSD de código abierto a partir de la versión 40 (10 de abril de 2007).

Ver también

Referencias

  1. ^ ejemplo de bei/sg/denmark https://github.com/ahay/src/blob/master/book/bei/sg/denmark/SConstruct
  2. ^ S. Fomel y G. Hennenfent, 2007, Experimentos computacionales reproducibles utilizando SCons: 32ª Conferencia Internacional sobre Acústica, Habla y Procesamiento de Señales (ICASSP), IV/1257-1260.
  3. ^ Archivo AUTHORS.txt https://github.com/ahay/src/blob/master/AUTHORS.txt
  4. ^ Stockwell, JW, 1997, Software libre en la educación: un estudio de caso de CWP/SU: Seismic Unix: The Leading Edge, 16 , 1045--1049.
  5. ^ --------, 1999, The CWP/SU: Seismic Un*x package: Computers and Geosciences, 25 , 415--419.

enlaces externos